我国是柑橘重要起源中心和遗传变异中心，对柑橘种质资源进行科学的收集、保存、分类、鉴定和利用是维持柑橘业持续发展的重要保证。经过几代前人的研究，柑橘类植物分类已取得较大进展，形成了比较完善的分类系统；但对种以下不同类型其衍化关系还不是很清楚。像碰柑，是柑橘属植物宽皮柑橘中的优良类型，是起源于我国的重要柑橘类型，在我国广泛栽培，但对其不同品种的系谱关系研究还很少报道。基于此，本研究收集了我国主要桠柑产区的17份主要桠柑试材及4份桠柑近缘类型材料，利用AFLP分析技术，对椪柑系谱关系进行研究。主要研究结果如下： 1．从104对AFLP引物对中筛选出8对多态性较好的引物组合，采用AFLP技术，应用筛选出的引物对收集的21份桠柑及其近缘类型的亲缘关系进行分析，共获得了469条清晰扩增谱带。平均每对引物获得58.6条清晰带，469条扩增谱带中多态性条带仅有116条，多态性比例平均为24.7％。 2．17个椪柑品种、品系聚为一类，并且椪柑各栽培品种相似性系数在0.86以上，说明各品种间亲缘关系很近，椪柑遗传背景很窄，椪柑在长期进化过程中遗传上差异较小。UPGMA聚类结果表明，建柑与红橘相似性相对较高（相似系数为0.84），可以聚为一类，二者间亲缘关系较近，而与椪柑、本地早橘亲缘关系较远。 3．‘华柑2号’椪柑年审（认）定的优良椪柑品种，但对其来源认识不清，通过本研究发现其与长源椪柑亲源关系最近，‘华柑2号’有可能是由长源桠柑变异而来。‘华柑2号’产生的无籽变异类型与其在分子水平上也有差异，并且在聚类上相距较远，有可能的原因是椪柑各类型间亲缘关系极为相近，所以即使较小的遗传变异在聚类上也会表现出较大的差异。一未知名椪柑，经过104对AFLP引物检测，与硬芦未表现谱带差异，可能二者在遗传上表现为同一种质。 4．云南具有代表性的桠柑品种——白橘，在DNA水平上并未表现出较高多态性，相反跟较晚出现的黔阳无核、鄂柑一号等品种聚在一起，从分子水平上可以认为云南可能不是桠柑最早的起源地。硬芦系、台湾桠柑以及选自福建诏安县的长源桠柑多态性相对较高，表现的较为原始。日本的太田桠柑和吉田椪柑在椪柑中属于较为进化的类型，与我国新生系系列在相似性系数0.96以上聚为一类，很可能共同来源于广东。