胰腺癌早期诊断及预后相关microRNA的筛选及模型构建

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目的:胰腺癌是常见的消化道恶性肿瘤之一,是癌症相关死亡的第三大原因,其5年生存率在所有肿瘤中最低。由于胰腺位置特殊,患者早期通常没有明显症状,而确诊时往往已经发生了血管侵犯并伴有淋巴结或其他远处器官转移,失去了手术治疗的机会。因此,筛选有效的早期诊断和预后相关生物标记物对胰腺癌患者是十分必要的。近年来,许多研究证实了microRNA(简称miRNA)在肿瘤的发生发展中扮演着重要角色,并且由于具有能在血液循环中稳定存在的特性,miRNA有可能成为肿瘤诊断和预后相关的生物标志物。本研究首先探究前期筛选并验证的4种miRNA在胰腺癌血清中的表达及诊断意义,构建胰腺癌早期诊断模型。同时,运用生物信息学方法挖掘胰腺癌预后相关miRNA,构建胰腺癌预后风险模型,对预后相关miRNA的靶标基因进行功能富集分析,探究其对胰腺癌发生发展的潜在影响机制,为胰腺癌治疗提供新的策略。方法:收集2020年9月至2021年9月的41例胰腺癌患者及50例正常人的血清样本,使用多重荧光定量PCR(m RT-q PCR)技术检测4种诊断相关miRNA,包括hsa-miR132-3p、hsa-miR23a-3p、hsa-miR24-3p及hsa-miR30c-5p,分析它们在胰腺癌及正常血清样本中的表达差异,绘制受试者工作特征曲线评价4种miRNA的独立诊断能力,并使用逻辑回归构建胰腺癌早期诊断模型,联合临床常用检测指标优化4种miRNA的诊断效能。此外,下载TCGA数据库中胰腺癌患者的miRNA测序数据及年龄、性别、TNM分期和组织学类型等临床信息用以构建预后风险模型。使用R语言随机选择50%的胰腺癌样本作为训练集,通过单因素Cox回归分析筛选与胰腺癌患者预后相关的miRNA,进一步使用Lasso回归分析、多因素Cox回归分析构建由4种miRNA组成的胰腺癌预后风险模型,并在验证集以及整个数据集中进行验证。比较预后风险模型与临床因素对胰腺癌患者的预测能力。绘制列线图可视化我们的预后风险模型,并使用单因素及多因素Cox回归确定预后风险评分可作为独立的预后影响因素。对预后风险模型中4种miRNA进行生存分析,筛选可能参与调控它们的转录因子。在此之后,通过Target Scan,miRDB和miRTar Base三个miRNA相关数据库预测4种miRNA可能靶向调控的基因,并对这些基因进行通路富集分析,使用String网站对这些基因的相互作用进行预测,通过Cytoscape软件绘制miRNA-m RNA调控网络并寻找可能的关键靶标基因。结果:1、诊断相关的4种miRNA(hsa-miR132-3p、hsa-miR23a-3p、hsa-miR24-3p及hsa-miR30c-5p)在胰腺癌样本与正常样本存在明显表达差异(P<0.05)。绘制受试者工作特征曲线评价4种miRNA对胰腺癌的诊断价值,其中,hsa-miR132-3p的预测能力最佳,曲线下面积为0.889,而hsa-miR24-3p的预测能力最差,但是曲线下面积也有0.800。应用逻辑回归构建由hsa-miR132-3p与hsa-miR24-3p联合的早期诊断模型,分析该模型诊断价值时发现联合应用的诊断价值高于它们单独的诊断价值。此外,4种miRNA分别与CA19-9联合诊断胰腺癌时灵敏度及特异度均明显增高。2、我们运用生物信息学方法构建了由4种miRNA(hsa-miR-193b-3p、hsamiR-145-3p、hsa-miR-3613-5p及hsa-miR-128-1-5p)构成的预后风险模型,生存曲线以及受试者工作特征曲线均证实该预后风险模型具有良好的预测能力,计算的预后风险评分可作为独立预后影响因素(P<0.05)。对预后风险模型中的miRNA的靶标基因进行的富集分析,发现其可能通过调控PI3K-Akt和细胞衰老等通路影响胰腺癌的发展。使用Cytoscape确定了十个关键靶标基因(CCND1、KRAS、RHOA、CDK6、MCL1、KIT、ETS1、YWHAZ、EPHA2和PLAU),其中CCND1、KRAS、CDK6、YWHAZ、EPHA2和PLAU在胰腺癌样本中表达增加,并且与胰腺癌的不良预后相关。结论:1、本研究发现4种miRNA可作为胰腺癌的早期诊断标志物,与CA19-9联合后诊断的灵敏度及特异度均明显提高,并构建了由其中两种miRNA组成的早期诊断模型。2、构建并验证由4种预后相关miRNA组成的胰腺癌预后风险模型,模型中的miRNA及其靶标基因可作为评估胰腺癌预后的辅助变量。诊断及预后风险模型中的miRNA对胰腺癌发生发展的具体影响机制还需要更深入的研究。
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