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山白树（Sinowilsonia henryi Hemsl）为金缕梅科（Hamamelidaceae）山白树属（Sinowilsonia Hemsl）多年生木本植物,是中国特有单种属珍稀濒危植物。由于人为砍伐及生境变化等原因,导致山白树数量急剧减少,已被列为我国Ⅱ级保护植物及陕西省重点保护植物,被世界自然保护联盟（IUCN）认定为易危物种。作为第三纪孑遗种和中国特有物种,山白树具有重要的经济价值和科学研究价值。本研究基于第二代测序技术开发了山白树的微卫星分子标记,并利用该分子标记对山白树进行群体遗传分析,以期对其物种保护提供理论参考。采用Illumina二代测序技术建立山白树基因组文库和微卫星文库,分析微卫星组成类型等特征,设计山白树微卫星引物,用5个山白树种群进行扩增和检测以分析其多态性。研究结果表明,二代测序共返回38,942,660条100bp配对序列,通过质量修剪及拼接得到200,386条拼接序列,其中长度大于335bp的为7614条;在7614条序列中检测出微卫星位点694个,其中单核苷酸重复最多,单核苷酸重复中A/T重复数量最多;二核苷酸长度变异最大,其中AG/CT重复数量最多,重复长度变异情况与微卫星丰度呈正相关。为36条山白树微卫星重复次数高的序列设计引物,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳对所设计的引物进行检测,结果表明,其中20对引物多态性丰富且条带清晰,等位基因数（NA）在36之间,平均为4,多态性信息含量（PIC）为0.53550.7540,平均为0.6155。对5个山白树种群的群体遗传分析发现,本研究开发的引物可用性较好。本研究开发了山白树微卫星分子标记引物,为山白树分子遗传学奠定了基础。本研究利用筛选的20对山白树微卫星引物,对采自山白树主要分布区的19个居群201份样品进行检测,统计实验数据,分析其遗传多样性与遗传分化。本研究通过计算山白树遗传参数和居群间Nei’s遗传距离分析各山白树居群的遗传关系,并分析及计算山白树居群间遗传分化指数和遗传结构。结果表明:（1）20对山白树引物均具有较高的多态性,各位点的等位基因数在718之间,共检测到变异位点239个,平均每对引物11.95个变异位点,期望杂合度（HE）为0.67900.8604,平均期望杂合度为0.7993。Shannon’s信息指数（I）为1.42792.2222,平均值为1.8937。Nei’s遗传多样性指数（h）为0.67730.8583,平均为0.7973,表明山白树在物种水平上的遗传多样性较高。（2）通过AMOVA分析结果显示,山白树的遗传变异主要来源于居群内,居群间遗传分化强烈(Fst=0.3439),居群间基因流较弱（Nm=0.4769）。（3）UPGMA聚类结果表明,遗传距离相近的居群,地理位置分布也相对较近。Mantel Test结果显示,R=0.288,P=0.01,即山白树遗传距离与地理距离存在显著相关性。STRUCTURE分析结果将19个山白树居群分成4个组。可知,导致山白树居群遗传分化显著的原因可能有地理隔离、有限的基因流、居群历史上遭遇片段化及瓶颈效应等。基于本研究结果,我们提出了就地保护为主的保护策略。