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动物体型大小主要是由骨组织和肌肉组织发育决定。动物机体大部分骨组织是通过软骨内成骨方式形成,而骨骺生长板的发育则最终决定软骨内成骨的形态。骨形成蛋白2(bone morphogenetic protein2, BMP2)是动物出生后骨骼内稳态的重要调节因子,它提供的成骨信号是骨组织发生和修复所必须的。成纤维细胞生长因子3(fibroblast growth factors, FGFR3)则主要作用于软骨的发育,季肋发育不全、软骨发育不全和致死性发育不全这三种人类可遗传侏儒综合征都是由FGFR3基因的错义突变引起的。目前,猪FGFR3基因与骨发育的相关性研究在国内外仍是空白。NCBI报道的猪FGFR3基因序列是利用生物信息学方法预测获得的序列,目前尚未有相关的该基因CDS克隆的报道。cDNA-AFLP扩增片段长度多态性(cDNA amplified fragments length polymorphism, cDNA-AFLP)测定技术具有重复性好、假阳性率低、起始样本需求量少等优点,不需要预先知道序列信息即可筛选差异表达基因,通过此方法可以发现新基因或基因的新功能,常应用于基因表达差异显示的研究中。本课题以1日龄广西巴马小型猪和长白猪为研究对象,分别克隆了这两个品种猪BMP2和FGFR3基因CDS序列,并对其在四肢骨生长板的表达情况进行了测定比较,并采用cDNA-AFLP技术对两品种猪软骨发育相关基因的差异表达进行了测定,旨在筛选影响骨发育的功能基因,为实验用广西巴马小型猪的选育提供遗传标记,获得结果如下：1.成功克隆了广西巴马小型猪、长白猪BMP2 CDS全长序列,共1188bp,两个品种猪BMP2的CDS序列完全一致。2.成功克隆了长白猪和广西巴马小型猪FGFR3 CDS部分序列,共808bp。将测序结果与NCBI报道的猪FGFR3预测序列比对,发现存在八处碱基发生突变,一处碱基缺失。其中五处突变位点为长白猪和广西巴马小型猪所共有,分别为A124G、C190G、A204C、C205A口C245T的错义突变；另三处突变位点和一处碱基缺失表现为广西巴马小型猪A438G和C549T的同义突变、长白猪A752C的错义突变和长白猪的328～330的3个碱基(GCA)缺失。3.广西巴马小型猪、长白猪FGFR3基因A2374G、C2620T多态性位点的基因型及基因频率在两个品种猪间分布差异均极显著(P<0.01),两个基因座处于连锁平衡状态。4.利用SMARTer RACE技术获得猪FGFR3基因5’末端序列1条,3’末端序列3条,拼接获得猪FGFR3 CDS序列3条,并确定了猪FGFR3基因翻译的起始密码子位点。5.1日龄的广西巴马小型猪与同日龄长白猪比较,体重、体长和体高差异均极显著(P<0.01),股骨长差异显著(P<0.05)。1日龄广西巴马小型猪生长板BMP2表达量显著低于长白猪(P<0.05); FGFR3表达量显著高于长白猪(P<0.01)。6.通过cDNA-AFLP分析获得18条在1日龄广西巴马小型猪、长白猪生长板软骨组织表达差异的TDF序列,其中5条序列功能已知,其可能通过调节细胞周期引起广西巴马小型猪和长白猪骨发育的差异；还有10条在NCBI中有同源序列但无已知功能的序列,可能是与软骨发育或细胞周期调控相关的新基因,其余3条序列在NCBI中无同源序列。综上所述,BMP2、FGFR3参与了猪骨发育的调控。cDNA-AFLP筛选获得的表达差异基因是否或如何参与了骨发育的调控,仍有待进一步实验验证。