基因组进化速率矫正方法在被子植物中的研究

来源 :华北理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:fuji2009
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物种演化时间估算是生命演化研究的重要部分。近年来,许多研究发现不同基因的进化速率差异显著,在很大程度上挑战了进化分析重要基石的分子钟假说;同时,被子植物代表性物种的全基因组序列的获得,为从全基因组角度估计进化事件的发生时间提供了可能;因此,在全基因组数据层面上,开发新的方法对进化事件发生时间进行重新估计,是很必要的。基于共享多倍化事件或共享分歧事件应该有共同Ks峰值的理念,通过建立基于基因组数据的进化速率矫正模型,对被子植物演化时间从新估计,并取得了一定的进展。(1)对获取Ks分布三种常见的方式进行了比较分析,利用数据分布的特征和高斯拟合得到最佳的正态分布拟合优度,明确了通过提取共线性区块上Ks值的中位数的方式最优。(2)模拟了Ks分布随进化速率变化的过程。当假设进化速率服从正态分布时,Ks分布出现了长尾现象。在模拟条件中加上物种的选择压力时,发现长尾现象主要与不同的基因进化速率有关,且基因丢失对Ks分布影响不大,为通过Ks分布进行时间尺度研究提供了可行性策略。(3)对共享多倍化和共享早期分化两种情况,建立了基于基因组数据的进化速率矫正模型,详细描述矫正过程。(4)通过矫正方法在被子植物中的应用,发现被子植物的进化速率虽然差异显著,但不同分支间的进化速率仍具有部分一致性:木兰类植物进化速率最慢,真双子叶植物次之,单子叶植物进化速率最快。且在环境巨变时,多数被子植物不同谱系的物种具有同步的辐射性进化和适应性进化。研究建立了基于基因组数据的进化速率矫正模型,对被子植物进行了全面的进化速率矫正,建立了相对可靠的被子植物演化时间轴,有助于理解被子植物的演化历程和进化模式,特别有助于认识深层的被子植物系统发育关系和多样性发生的原因。图22幅;表14个;参82篇。
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