随着社会主义市场经济的纵深发展和公共财政体制框架的逐步建立,原有财政科技投入方式和管理模式已不能完全适应新形势的需要。未来20年,我国正面临经济社会快速发展和全面建设小康社会的战略机遇期,如何利用好科技资源,促进科技资源的优化配置是新时期我国科技管理的重要工作。论文将从以下几方面展开论述,为提高我国的财政科技投入绩效提供理论依据与参考。第一部分阐述财政科技投入的理论依据与现实必要性。市场失灵理论、公共产品最优供给理论、新公共管理理论是财政科技投入的理论基础。第二部分陈述财政科技投入的运行机理。首先介绍了财政科技投入的定义及方式；进而分析了财政科技投入的效应及其发生效应的传导机制。第三部分系统梳理我国财政科技投入政策的历史演变。分析了科学基金制、企业化转制、成本补偿方式、定额补助方式、部门预算制等特点与效果。第四部分拟在构建我国财政科技投入绩效评价指标体系的基础上,从财政对整个科技领域的支出为出发点,通过研究财政每年对科技投入支出以及财政科技支出中研发费用变化趋势与科技带动经济增长之间的函数关系,评价财政科技投入的绩效,并探求三者之间促使经济可持续发展的平衡关系。第五部分提出中长期提高我国财政科技投入绩效的对策,其具体包括：第一,按照市场经济和公共财政的要求调整财政科技投入结构；第二,形成多元化、多渠道、高效率的科技投入体系；第三,建立财政科技投入经费的绩效评价体系,优化财政资源配置；第四,完善财政科技投入经费管理制度,创新财政科技投入方式,提高资金使用效益。第五,建立地方财政科技投入与企业资金配置的新机制。论文的创新之处在于：以财政对科技领域的支出为出发点,通过研究财政对科技投入支出以及财政科技支出中研发费用变化趋势与科技带动经济增长之间的函数关系,评价财政科技投入的绩效,并探求三者之间促使经济可持续发展的平衡关系。