本文首先扼要介绍农业结构及其调整的内涵与新制度经济学的交易成本理论，接着简要回顾我国农业结构调整的历史、现状及当前取得的进展和存在的一些问题，说明结构进一步调整的必要性、迫切性，然后根据新制度经济学的分析方法和框架，从交易成本的角度出发，主要针对结构调整过程中遇到的制度方面的困境：(1)激励的交易成本：产权残缺；(2)风险的交易成本：组织劣势；(3)隐性的交易成本：体制惯性；(4)技术的交易成本：技术瓶颈四个方面逐一进行交易成本分析，用我国的实践去佐证理论，用理论来解释实践，深层剖析调整步履艰难原因之所在，最后得出我国的农业结构调整必须正确界定政府边界、组织边界和市场边界，变革体制以适应动态的环境，顺应市场规律，强调农民的参与，尊重农民的选择，引导结构调整朝向良性发展，大幅提升我国农业的综合竞争力，全面建设惠及十几亿人口的更高水平的小康社会。