传统发酵乳制品蕴含了丰富的乳酸菌和酵母菌等微生物。全面、客观、深入地研究发酵乳制品中微生物群落结构、微生物多样性及微生物功能多样性有利于实现产品标准化和工业化生产。但传统方法对其多样性研究具有局限性。本文运用454焦磷酸测序系统地研究了蒙古国和内蒙古东部地区传统发酵乳制品微生物多样性,不仅突显了454焦磷酸测序通量高、一次能平行测序多个样品,并能全面的分析样品微生物多样性的特点,又证实了蒙古国和内蒙古东部地区传统发酵乳制品蕴含丰富的微生物资源,结论如下：(1)两个地区10份酸牦牛奶样品中总共检测出属于4个菌门的20个不同细菌属及4个菌门的14个不同真菌属。(2)蒙古国和内蒙古东部地区酸牦牛奶样品中细菌和真菌分别由四个菌门组成,硬壁菌门(Firmicutes)为细菌中的优势菌门,子囊菌门(Ascomycota)为真菌中的优势菌门。(3)乳杆菌属(Lactobacillus)为蒙古国和内蒙古东部地区酸牦牛奶样品优势细菌属；酵母属(Saccharomyces)和耐碱酵母属(Galactomyces)分别为蒙古国和内蒙古东部地区酸牦牛奶样品中的优势真菌属。(4)采用Shannon和Simpson指数对样品微生物多样性进行分析,发现蒙古国样品中真菌多样性高于内蒙古东部地区样品中真菌多样性,而细菌多样性低于内蒙古东部地区样品细菌多样性。(5)通过Chaol指数对样品中微生物的丰度进行了评估,结果表明蒙古国样品中真菌含量高于内蒙古样品中真菌含量,细菌含量则低于内蒙古样品中细菌含量。两地区酸牦牛奶样品真菌含量均高于细菌含量。(6)蒙古国和内蒙古东部地区中细菌群落结构差异不显著,而真菌群落结构差异显著。