从1999年党的第十五届四中全会,到2003年党的十六届三中全会,再到2013年党的十八届三中全会,国有企业混合所有制改革正经历着无数次的改革,最终也被纳入全面深化改革的顶层设计。直到2017年政府提出了关于深化混改的具体要求,规划出部分行业的企业作为主要的改革试点企业,这标志着一种全新的改革已经迈出了第一步。改革的大潮已逐步向其他行业迈进,随着改革带来的种种矛盾也显而易见。国有资本与民营资本的混合是国有企业混合所有制改革的本质,在强调国有资本占主导地位的同时,民营资本股东往往处于中小投资者的被动地位。因此,保护民营资本权益成为调动民营股东参与国有企业改革积极性的核心问题。应切实保证非国有中小股东与国有大股东平等的行权权力。首先,本文采用案例分析法、分析归纳法、文献研究法,对国内外保护非国有中小股东权益的相关文献进行梳理。其次,以方正集团为具体研究对象,以混合所有制改革为背景,借鉴现代保护中小股东权益的先进成果,观察方正集团近四年财务数据的变化和利用财务数据指标与同行业均值经过纵向、横向的对比分析,证实了国有大股东在悄悄地利用贱卖优质资产、低价转让股权等手段掏空了方正集团。最后,本文从三个层面来加强中小股东权益的保护,从公司层面提出引入多元化主体、优化监事会及独立董事会制度来保护中小股东权益;从法律层面建议提升中小股东话语权,完善中小股东诉讼制度和赋予中小股东特别调查权等方式来保护中小股东的权益;从政府层面,政府应该减少行政干预,促使国有股东与非国有股东形成事实上的权利平等,这有助于非国有股东正常的行使经营决策权。这些方法有利于维持国有资本与民营资本互相制衡的状态,共同促进国有企业的经济发展。