非小细胞肺癌血清miR-1228-3p和miR-181a-5p的差异表达及其临床意义

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目的:经过分析数据库中血清/血浆miRNAs芯片数据,得到NSCLC差异表达miRNAs。经过对差异miRNAs进行生物信息学分析,得到预测的靶基因并进行GO分析和Pathway分析。经过对NSCLC患者和健康对照人群的血液样本及临床信息进行收集,验证候选miRNAs差异表达并分析差异miRNAs与临床指标的关系。方法:1.运用Pubmed、GEO、ArrayExpress这3个数据库进行文献检索,得到符合纳入标准的文献,收集每篇研究中的miRNAs芯片数据并将差异miRNAs根据上调、下调分为2类。通过R语言运用RRA方法(FDR<0.05),得到筛选后的上调和下调miRNAs。2.将筛选的差异miRNAs在TargetScan、PicTar、miRDB、miRanda、Tarbase数据库进行靶基因预测,得到全部的靶基因。3.将得到的靶基因在GeneCodis网络工具在线进行GO通路分析、Panther通路分析和Kegg通路分析。4.收集符合纳入标准的NSCLC患者及健康对照人群的血清样本,提取血清miRNAs,逆转录cDNA并进行qRT-PCR,以获得每个研究对象中每种miRNA的相对表达水平。5.分析NSCLC患者的TNM分期与呼吸肿瘤标志物的秩相关关系。6.比较NSCLC组和健康对照组候选miRNAs的表达,并分析差异miRNAs与临床病理类型、肿瘤大小、淋巴结转移情况、TNM分期的关系。7.对差异miRNAs进行ROC分析。8.对差异miRNAs进行K-M生存分析。9.对差异miRNAs进行Cox回归分析。结果:1.通过检索,有12篇文献符合研究的纳入标准。2.通过RRA方法,筛选得到5个上调表达的miRNAs和27个下调表达的miRNAs。根据FDR值的大小,在27个下调的miRNAs中选择前4种下调的miRNAs。5个上调的miRNAs(miR-1228-3p,miR-1228-5p,miR-133a-3p,miR-1273f,miR-545-3p)和 4 个下调的 miRNAs(miR-181a-5p,miR-26b-5p,miR-361-5p,miR-130a-3p)进行后续的靶基因预测,通路分析和qRT-PCR验证。3.将9个差异miRNAs于在线数据库中进行靶基因预测,获得8110个靶基因,去除108个重复的靶基因,最终获得8002个靶基因。4.将预测的8002个靶基因进行GO通路分析和Panther通路分析和Kegg通路分析。GO通路分析分为生物过程、细胞组分和分子功能三个部分,靶基因在这3部分富集数目最多的分别是转录调控,DNA依赖性(G0:0006355:regulation of transcription,DNA-dependent);细胞核(G0:0005634:nucleus)和蛋白结合(G0:0005515:protein binding)。靶基因数目富集最多的Kegg pathway 分析、Panther pathway 分析分别是癌症途径(Pathways in cancer)、Wnt 信号通路(Wnt signaling pathway)。5.NSCLC的TNM分期与癌胚抗原、鳞状细胞癌抗原、细胞角蛋白19、癌抗原125、血清唾液酸进行秩相关分析,相关系数r分别为 0.408,0.294,0.481,0.436,0.474,P值分别为 0.003,0.038,0.000,0.002,0.001,即 NSCLC 的分期与 CEA、SCC、CYFRA21-1、CA125、SA 之间存在正相关关系。6.将候选的miRNAs进行qRT-PCR验证,上调的miRNAs中miR-1228-3p(P =0.006),miR-1228-5p(P=0.8678),miR-133a-3p(P=0.0431),miR-1273f(P=0.0996),miR-545-3p(P=0.0473)。下调的 miRNAs 中 miR-181a-5p(P=0.0298),miR-26b-5p(P=0.5542),miR-361-5p(P=0.0066),miR-130a-3p(P=0.5880)。即候选的9种miRNAs在临床验证时有5种miRNAs为差异表达。7.分析腺癌组和健康对照组9种miRNAs的表达,结果显示,miR-1228-3p(P=0.0092),miR-181a-5p(P=0.0315),miR-361-5p(P=0.0287),即 miR-1228-3p,miR-181a-5p和miR-361-5p是腺癌的差异miRNAs。8.鳞癌组和健康对照组的分析显示,miR-545-3p的P值为0.0315,其他miRNAs的P值均大于0.05。即miR-545-3p是鳞癌的差异miRNA。9.MiR-181a-5p在健康对照组和I期NSCLC组比较(p=0.0279),即miR-181a-5p在NSCLC的早期就出现了表达量的改变。10.5种差异miRNAs进行ROC分析,单个miRNA中,AUC面积最大的是miR-1228-3p,AUC为0.685;多种miRNAs联合中,AUC面积最大的是2种miRNAs 联合,即 miR-1228-3p 联合 miR-181a-5p,其 AUC 面积为 0.711。11.对50名NSCLC患者进行5种差异miRNAs的K-M生存分析,上调的miR-1228-3p和下调的miR-181a-5p的Log-rank检验的P值均为0.0407,即miR-1228-3p高表达和miR-181a-5p低表达的NSCLC患者中位生存期更短。12.MiR-1228-3p的HR为1.487,提示miR-1228-3p的高表达是NSCLC患者中位生存期的危险因素。结论:1.MiR-181a-5p对于NSCLC的早期诊断有重要意义。MiR-1228-3p联合miR-181a-5p对于NSCLC有一定的诊断效能。2.MiR-1228-3p高表达和miR-18]a-5p低表达的NSCLC患者中位生存期更短。MiR-1228-3p的高表达是NSCLC患者中位生存期的危险因素。
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