本文以瓯江流域源头区为研究主体,水土流失对生态健康的影响为背景,生态健康评价为目的,应用生态学和水土保持学原理,综合研究区实际情况,从生态特征、功能作用、社会经济三方面构建了基于水土保持的生态健康评价指标体系。通过野外调查采样与室内样品测试、资料收集,结合GIS手段,高精度获取了各评价指标的定量化数据。在对生态健康各评价因子系统分析的基础上,建立了相应的评价标准。选用综合水质标识指数法、主成分分析法对难以确定的定性指标进行了独立评价。最后基于层次分析法,确定指标权重,综合评价研究区的生态健康。基于评价结果提出了研究区的水土保持防护体系构架。研究结果可为南方丘陵区流域源头区的生态建设提供科学依据。主要结论如下：(1)研究区各评价指标所反映的生态现状：径流量充足,拥有Ⅱ类水质,因其为流域源头区,水质条件对全流域的发展有着至关重要的作用,故该区水质仍需提高。植被条件好,土壤有机质含量较高,为流域环境提供了良好的生态基础,但影响土壤抗蚀性能力的土壤团聚体,会因不同林相及人类干扰而有明显差异,尤以经济林间的差异表现更为显著,其土壤团聚体稳定性有好有差,故在建设流域生态健康过程中,应注重对土壤结构较差的经济林实行有效管理,提高保持水土的能力。(2)瓯江流域源头区的生态健康评价结果为亚健康,在众多影响因子中,水土流失强度和土壤抗蚀性能力是影响该区生态健康的主要因素。研究区土壤抗蚀性水平较弱,加之一定程度的人为干扰,出现了不同程度的水土流失,而水土流失携带的泥沙和表层土壤养分,影响区域水质,更进一步削弱了土壤抗蚀性能力,影响了研究区的生态健康水平,因此,尽管研究区具有良好的生态基础,却无法实现流域源头区本应为健康状态的特点。(3)依据研究区垂直分带明显的地貌特征及目前所处的生态状况,遵循“因地制宜”与“可持续发展”原则,将区域划分为三个不同的生态保育和水土保持垂直地带,分别为：源头山地区生态保育为主的地带,山前丘陵坡地水土保持重点地带,滨河谷地重点开发与保护并重地带。