本文针对阿维链霉菌胞内蛋白酶,建立了可检测多种蛋白酶的SDS-PAGE酶谱方法,并尝试通过LC-MS对其中的蛋白酶直接进行鉴定。将SDS-PAGE酶谱和二维电泳(2-DE)相结合,建立了适合阿维链霉菌胞内蛋白酶研究的2-DE酶谱方法,此方法既可以检测多种胞内蛋白酶,又起着分离蛋白(酶)的作用。在2-DE酶谱方法的基础上,通过MALDI-MS鉴定出了两种金属蛋白酶neutralzinc metalloprotease和metalloprotease,其中metalloprotease可能存在多种翻译后修饰。通过蛋白酶抑制剂实验,发现阿维链霉菌在摇瓶培养过程中主要表达的蛋白酶是金属蛋白酶,金属蛋白酶酶活占总蛋白酶活的60％以上。在了解阿维链霉菌胞内蛋白酶表达情况后,使用正交设计方法优化出了一种复合蛋白酶抑制剂(乙二胺四乙酸(EDTA)7 mM、Methanol2.75％(v/v)、Pepstatin5μM、PMSF3mM、E-6450-M、Ethanol2.75％(v/v)、Bestatin30μM),在双向电泳样品处理过程中可有效抑制胞内蛋白酶的活性,对保护胞内蛋白质组的完整性起着重要作用。本文还详细介绍和阐述了表达蛋白质组学研究的方法和流程,包括电泳图谱的获得、借助PDQuest软件分析表达差异蛋白、质谱鉴定以及后续数据分析(翻译后修饰分析、代谢途径分析)等。