随着社会经济的发展，环境容量作为日益稀缺的自然资源，由于产权的不确定性以及由此产生的资源使用的外部不经济性，导致传统市场在配置资源时出现失效现象，表现为污染和环境质量恶化。排污权交易即是解决环境外部不经济性问题的一项极富特色的环境管理方法。它基于总量控制，以市场为主要调控手段，为控制污染，缓解环境压力提供了一条新路子，在世界范围被广泛采用。在我国，由于排污权交易试行不久，对其理论和应用的研究具有很强的现实意义。 论文在分析排污权交易理论的基础上，以排污许可证制度为基础、与排污收费制度并存、科学确定环境容量和健全的环境保护法律法规作为我国建立科学的水污染物排放权交易的4个前提条件，搭建了水污染物排放权交易体系结构框架，将整个体系分解为排放分配子系统、排污权交易子系统、排污权交易监督子系统和排污权交易调控子系统。 论文通过对排污权交易的三种基本模式进行分析比较，得出了排污削减信用模式更加适用于我国大多数地区的现状，对实现了总量控制的地区，在设计水污染排放权交易体系时也可使用总量—分配模型的结论，建议我国水污染物排放权交易的模式选择分阶段走；通过对排污权分配子系统的研究，给出了水污染物排放权交易中污染物选择、交易地域范围划定和排放权总量确定的方法；确定了以免费分配为主，逐步实行拍卖制度的水污染物排放权初始分配模式和改进的等比例分配方法，设计了从免费分配逐步向有偿分配转变的方法——规定占有免费分配的排污权的企业必须每年削减一定比例的污染物排放量。同时，论文对水污染物排放权交易的技术规则进行了探讨，包括：从交易的主体、客体、中介机构和排污权银行4方面对水污染物排放权交易市场的设立进行了规划；