无效合同的诉讼时效适用问题一直都是理论界和实务界争议较大的问题。争议的焦点是诉讼实效制度是否应当适用于无效合同的确认，合同被确认无效之后产生的相关请求权是否应当适用诉讼时效制度。如果适用，诉讼时效期间怎么计算。我国《合同法》及相关的司法解释都没有对这些问题做出明确的规定，然而我国法学界也未能对这些问题形成统一的认识，从而导致同类的案件在不同的法官的审理下产生截然相反的结果。本文在阐述我国目前实务界和理论界对无效合同确认是否适用诉讼时效问题的不同观点并进行评析之后，笔者提出自己的观点，即无效合同确认适用诉讼时效制度。笔者从法律的秩序与正义价值选择、法经济学原理、诉讼时效的客体三个方面论证了无效合同确认应当适用诉讼时效制度。合同被确认无效之后会产生返还财产、赔偿损失等请求权，赔偿损失产生于缔约过失责任，属于债权请求权，理所当然适用诉讼时效制度。而返还财产请求权，笔者认为应区别动产与登记的不动产和未登记的不动产不同情况而确定是否适用诉讼时效。无效合同的确认的诉讼时效期间应从合同履行期限届满计算，没有约定履行期且不能确定履行期的，从权利人第一次主张权利而义务人拒绝时起算。无效合同被确认无效之后，所有物返还请求权和赔偿损失的请求权时效期间应当从合同被确认无效时计算。