本文使用RAPD技术分析了红鳍笛鲷、紫红笛鲷、勒氏笛鲷和约氏笛鲷的种内和种间遗传多样性、种间亲缘关系以及种质特异性标记。 本研究共使用了120个引物，从中筛选出扩增效果好的引物36个，平均每个引物在每个个体上产生7.7个条带和12.4个位点，几乎所有扩增片段大小在150～3000bp之间。 种内遗传多样性研究结果显示：多态性位点比例(P)分别为68.47％，68.79％，74.85％和70.00％；遗传距离(D)分别为0.2257，0.2228，0.2679和0.2247；遗传多样性指数(H)分别为0.1854，0.1904,0.2015和0.1865。将本文实验结果间接与其它鱼类RAPD研究结果横向比较之后，本文实验结果表明，就4种鱼而言，勒氏笛鲷的遗传变异最高,红鳍笛鲷最低。总体而言，目前湛江近海约氏笛鲷、红鳍笛鲷、勒氏笛鲷和紫红笛鲷的遗传变异较高，遗传多样性比较丰富，也说明它们的遗传多样性尚未因为捕捞或其它因素而显著降低，此结果与目前笛鲷属鱼类的捕捞现状相适应。作为南海的重要捕捞对象，它们的资源仍处于一个良好的水平，种质没有出现明显的退化。 种间遗传多样性结果显示：种间遗传距离(Dpq)分别是0.6336(约氏笛鲷与紫红笛鲷)、0.6240(约氏笛鲷与勒氏笛鲷)、0.6936(约氏笛鲷与红鳍笛鲷)、0.6644(红鳍笛鲷与紫红笛鲷)、0.7493(红鳍笛鲷与勒氏笛鲷)和0.6903(勒氏笛鲷与紫红笛鲷)，勒氏笛鲷与约氏笛鲷遗传距离(Dpq)最小，亲缘关系最密切，勒氏笛鲷与红鳍笛鲷种间遗传距离(Dpq)最大，亲缘关系最远。UPGMA法聚类分析结果表明，红鳍笛鲷最先从聚类树上分支下来，勒氏笛鲷与约氏笛鲷亲缘关系最近。 本文共筛选出8个片段，它们分别是OPP03<-1420>和OPPl3<-610>(红鳍笛鲷特征性片段)，OPPll<-1260>和OPPl3<-1120>(紫红笛鲷特征性片段)，OPPll<-630>和OPPll<-1440>(勒氏笛鲷特征性片段)，OPP03<-800>和OPPll<-510>(约氏笛鲷特征性片段)，可分别作为4个物种特征性遗传标记，可以用来方便地进行种的鉴别，便于进行资源的合理开发、利用和保护。