嗜盐古菌是一类生活在较高盐浓度甚至接近饱和浓度盐环境中的微生物，由于其独特的生理生化性质、特殊的进化地位和潜在的应用价值，已成为生物学家研究的重要对象。近年来嗜盐古菌的数目不断增多，只依靠16S rRNA基因的系统发育分析暴露出一定的局限性，寻找新的分子标记，更准确的阐明它们之间的系统发育关系将有助于我们更好地认识和理解嗜盐古菌的进化历史，为进一步的生命进化理论研究提供依据。　　 盐红菌属(Halorubrum)是嗜盐古菌科(Halobacteriaceae)中所含物种最多的属，属内菌株组成较复杂，也是一些盐湖中较为常见的优势菌群。本文以解旋酶B亚基(gyrB)基因为新的分子标记探讨属内物种间的系统发育关系，用gyrB基因通用引物对Halorubrum属内已发表的标准菌株进行了基因的扩增和序列测定，测序得到15个标准菌的部分gyrB基因序列。以gyrB基因序列及其蛋白序列构建系统发育树，结果与16S rRNA基因系统发育树在大的分支拓扑结构上基本相同，以较高的Bootstrap值反映出已被普遍接受的属内三个类群的系统发育关系，平均遗传距离的增大可以提供较高的分辨率，但类群内的一些菌具体位置有所变化，可能原因为两基因进化历史的不同。研究表明gyr基因在Halorubrum属的系统发育分析是一个可选择的较好的分子标记，可以做为16S rRNA基因系统分类的补充，为嗜盐古菌的系统发育学研究提供了新信息。　　 应用16S rRNA基因和gyrB基因通用引物，分别对分离自内蒙古锡林浩特和西藏扎布耶茶卡盐(碱)湖的部分嗜盐古菌进行了基因扩增和序列测定。16SrRNA基因系统发育分析表明18个嗜盐古菌属于Halorubrum属，与相近标准菌株的序列相似性为96.9～99.5％，其中10个菌株扩增到gyrB基因，与相近菌株的序列相似性下降为84.6～95.4％，对其中三株嗜盐碱古菌CGSA15、DS10和CGSA42进行了详细的多相分类学研究，包括形态特征、生理及生化特性、极性脂组成、16S rRNA基因和DNA-DNA同源性分析，其中菌株CGSA15、DS10确定为Halorubrum属的两个新种，分别命名为Halorubrum luteum和Halorubrumsalinus，为嗜盐古菌的理论与应用研究提供了新的菌种资源。