我们通过对沼气池中微生物群落进行分类学和生态学层面上的研究，对此环境中真细菌和古细菌的多样性和群落结构有了初步认识。 首先，建立了复杂固态环境中微生物基因组DNA的提取方法。使用此方法，对崇明岛长江口滩涂泥浆和校园植物根际土壤中微生物基因组DNA进行了提取。 其次，对崇明沼气池中的微生物群落进行了初步探索。从沼气池浆中直接提取DNA，由此构建16S ribosomal DNA(rDNA)文库，并测序。我们基于16S rDNA序列对微生物群落的多样性和结构进行研究。研究表明在沼气池的厌氧环境中，微生物群落是一个复杂和未知的群体。 随后，采集了华东地区（上海市的崇明，浙江省的海宁，江苏省的班庄和涟水）沼气池浆样品，通过横向比较来研究沼气池微生物群落的结构和多样性。我们用95％序列相似度来定义OTU（Operational Taxonomic Units），并计算出每个样品中实测序列的OTU数目，以及相对应的CHAO1值和ACE值。在微生物种群的多样性方面上，所有四个样品中，真细菌的OTU数目是古细菌的3-3.5倍；选取各个样品中全部OTU的代表性序列绘制系统发育树，并对每个OTU中的部分序列进行BLAST，根据系统发育树所呈现的全部OTU之间的关系和BLAST的结果，把它们分成若干个组来进行分析，古细菌和真细菌都划分为七个组。在古细菌的群落中，大多数的序列集中在Group2中，并和Methanogenium的序列相近，是一类利用二氧化碳作为碳源，氢分子作为电子供体的产甲烷菌。在真细菌的群落中，Group1中的序列和Syntrophomonas的序列相近，是一类在产甲烷环境中的β饱和脂肪酸氧化菌。Group2中的序列属于Clostridium，对沼气池中多糖和寡糖的降解起重要作用。而Group7中的序列代表着新的菌种。 通过对四个沼气池中古细菌群落和真细菌群落组成情况的对比分析，我们发现，丰富种占据个体数量的多数，但种群数不多；稀有种只占个体数量的少数，但种群数很多。我们使用了Shannon指数和Simpson指数来评估每个样品中微生物种群的丰富度，在全部样品中，真细菌的种群丰富度都高于古细菌的种群丰富度。