在海南岛琼山县长昌盆地测制了长昌组含煤段上部地层剖面46.36m，采集孢粉样品91个。对上述样品进行了实验室孢粉分析，除亲缘关系不明的类群外，共鉴定描述孢粉化石38个类型(27科，38属)。其中以被子植物为主，共20科、25属(占科总数的77.8％，属总数的65.8％)，其次为裸子植物4科、7属(占科总数的25.9％，属总数的18.4％)和蕨类植物3科、6属(占科总数的22.2％，属总数的15.8％)。在种子植物中，发现一些属于现代海南岛区系的表征科的花粉，如壳斗科(Fagaceae)、金缕梅科(Hamamelidaceae)、樟科(Lauraceae)、桃金娘科(Myrtaceae)、棕榈科(Palmae)、松科(Pinaceae)等。根据孢粉类型的组成以及在孢粉百分比图上的变化情况，自下而上可划分为3个孢粉带。 在此基础上，结合前人对长昌组含煤段下部的孢粉分析，进一步对海南岛长昌盆地始新世孢粉植物区系中种子植物科和属的分布区类型进行了统计和分析。结果表明，长昌盆地始新世孢粉植物区系在科的级别上虽然体现了热带区系成分为主的性质，但热带性明显不及海南岛现代植物区系；属一级的性质与海南岛现代植物区系存在比较明显的差异，其中以亚热带—温带性质为主，热带性并不明显。总体上，长昌盆地始新世孢粉植物区系以亚热带—温带性质为主，热带性并不明显，推测始新世时长昌盆地附近可能存在较高海拔的山地，从而使孢粉植物区系中出现了很多温带性质的孢粉类型。 在上述分析的基础上，最后应用共存因子法对长昌盆地长昌组含煤段上部进行了古气候定量重建，获得的始新世时期长昌盆地的古气候参数如下：年均温为13.5-24.5℃，最热月均温为27.1-28.1℃，最冷月均温为0.6-19.5℃，年较差为9.2-20.1℃，年降雨量为850-1630mm，最大月降雨量为180-190mm，最小月降雨量为16-35mm。与长昌组含煤段下部相比，含煤段上部的古气候更为温暖湿润。