轮状病毒分子流行病学调查及NSP486-175原核表达载体质粒的构建

来源 :温州医学院 温州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:teiku
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:   了解我院儿童腹泻标本中轮状病毒(Rotavirus,RV)分离株G血清型和P基因型的流行特点,并对RV的三种检测方法:胶体金法、RT-PCR法和PAGE法进行方法学的比较;应用分子生物学技术,将编码轮状病毒NSP4蛋白86-175位氨基酸的基因片段克隆入PGEX-4T-1载体,为后续蛋白表达奠定基础。   方法:   1.收集2007年5月~2010年4月因腹泻症状就诊儿童的资料及粪便标本9980份,经胶体金法筛检A群轮状病毒抗原阳性标本,对其送检来源及各科室的RV-AG阳性检出率进行统计分析;留取其中2009年11月~2010年4月轮状病毒抗原阳性、≤5岁住院腹泻患儿标本153份,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),巢式-聚合酶链反应(Nest-PCR)法,对VP7、VP4基因分型。   2.收集2009年11月~2009年12月腹泻患儿送检标本,分别进行胶体金法、RT-PCR法和PAGE法检测RV-AG,计算各种方法的阳性检出率,用SPSS软件进行x2分割法分析。计算特异度、灵敏度、正确率和Youden指数(YI)来评价三种检测方法的准确度。   3.随机抽取G血清型和P基因型分型结果为G3P[8]型RNA样本5份,采用RT-PCR扩增NSP4基因全长并测序,BLAST比对后,Nest-PCR扩增编码NSP4蛋白第86-175位氨基酸的基因,经纯化回收后,将其克隆入pMD18-Tsimplevector中构建重组质粒pMD18-T-NSP486-175,并用BamHI和SalI双酶切该重组质粒并测序,纯化并回收酶切后得到的288bp片段,将其克隆至原核表达载体PGEX-4T-1的BamHI/SalⅠ位点,构建重组质粒PGEX-4T-1-NSP486-175,转化感受态受体菌E.coliDH5α,,用双酶切鉴定并测序。   结果:   1.2007年5月~2010年4月期间,胶体金法检测儿童腹泻粪便标本9980例,RV-AG阳性标本3544例,其阳性率为35.51%;男孩RV-AG检出率为25.44%(590/2319),女孩RV-AG检出率为26.12%(279/1068),性别检出率差异无统计学意义(x2=0.178,P=0.673),各月龄组检出率以6-12月龄组最高,达30.44%;门急诊和住院患儿RV-AG检出率分别为32.02%(357/1115)和35.95%%(3187/8865),差异有统计学意义;对送检来源进行统计发现,送检标本大多数来自A07儿内消化病区(25%,2451/9980),B03儿童综合病区(17%,1727/9980)和A03儿童感染病区(12%,1227/9980),除A09儿内肾病病区、D19新生儿ICU和D20新生儿病区外,其余科室三年间RV-AG阳性检出率均无明显变化,D20于2010年4月27~30日出现RV院感爆发流行。   2.留取的2009年11月~2010年4月轮状病毒抗原阳性、55岁住院腹泻患儿153份标本中,G3型79份(51.63%),G1型40份(26.14%),G1G3型20份(13.07%),G2G3型3份(1.96%),G未分型11份(7.19%):P[8]型104份(67.97%),P[4]型3份(1.96%),P[8]P[4]型1份(0.65%),P未分型45份(29.41%),G血清型和P基因型的组合以G3P[8]为主,占33.33%(51/153)。   3.2009年11月~2009年12月共收集腹泻患儿送检标本129份,分别经胶体金法、RT-PCR法和PAGE法检测,阳性率分别为24.80%(32/129),11.63%(15/129),26.36%(34/129),经x2分割法,按α'=0.0125水准,PAGE法和胶体金法、RT-PCR法的检出率均有差别,而胶体金法和RT-PCR法检出率无显著差异。以PAGE法为检测轮状病毒的最终标准,计算胶体金法和RT-PCR法的灵敏度为93.33%和100%、特异度为84.21%和83.33%、正确率同为85.27%,以及YI为0.7754和0.8333,说明RT-PCR法的准确度更高。   4.RT-PCR法扩增出770bp的NSP4全长基因,测序并BLAST比对后与Nov08-3404株同源性达99%,Nest-PCR扩增编码NSP4蛋白第86-175位氨基酸的基因得到大小为288bp片段,经纯化回收后,将其克隆入pMD18-Tsimplevector中构建重组质粒pMD18-T-NSP486-175,并用BamHI和SalⅠ双酶切该重组质粒并测序,结果显示无突变。重组质粒PGEX-4T-1-NSP486-175经BamHI和SalⅠ双酶切并测序,酶切后电泳显示分别在300bp左右和5000bp左右出现明显条带,表明PGEX-4T-1-NSP486-175原核表达构建成功。   结论:   我院A群轮状病毒以G3型为主,其次为G1型,P基因型以P[8]型为主,未检测出其他型别,发病年龄以6~12月龄组最高。对胶体金、RT-PCR和PAGE法进行了方法学比较,三者检出率有显著差异,胶体金、RT-PCR法检出率无显著差异,二者均优于PAGE法。PCR成功构建PGEX-4T-1-NSP486-175,为进一步NSP4蛋白表达及研究NSP4蛋白在细胞内的作用奠定基础。
其他文献
本文介绍了用于分析非线性采样系统的离散描述函数法,用离散傅里叶变换分析和推导了量化非线性的离散描述函数,给出了简单明了的结论,可用于指导数字控制系统的设计。 This
目的:   脓毒症是严重感染、重度创伤、大手术后、重型急性胰腺炎和休克等常见的并发症。脓毒症所引起的多器官功能障碍综合征已成为目前ICU患者的主要死亡原因之一,已经构
本文主要讨论了在分担任务的共有运动空间中多机器人避免碰撞问题.以集合关系方程形式给出了多台机器人在共有运动空间中避免碰撞的一般性数学描述,并在此基础上,提出了在直
目的:   1、通过形态学方法,研究细胞对镍化合物的摄取方式与状况;   2、通过检测镍染毒后细胞内镍含量的改变,探讨不溶性镍化物对靶细胞中镍含量的影响及致癌机制; 
2013年4月2日,美国贸易代表办公室(USTR)向美国国会和总统提交了《2013年美国贸易评估报告》,报告中指出,57个国家以及欧盟、台湾、香港和阿拉伯国家联盟共61个美国的贸易伙
本文通过对荣华二采区10
期刊
在新产品研制中,每个阶段都需要对设计原型进行评估。评估范围为从产品外表到最终的功能性。每次评估都使用与实际使用材料不同的由能工巧匠制造的原型机零件。这些零件没有
本文通过对荣华二采区10
期刊
目的:观察五倍子、儿茶和黄连3味中药对艰难梭菌的体外抗菌活性.方法:采用琼脂稀释法测定五倍子、儿茶和黄连对130株艰难梭菌的最低抑菌浓度.结果:五倍子、儿茶和黄连对130株
目的:对比分析保乳改良根治术与传统改良根治术治疗乳腺癌的临床疗效。方法:将行手术治疗的415例女性乳腺癌患者按手术方式分为保乳改良根治术组76例与传统改良根治术组339例