随着经济社会的快速发展,人们不断向自然索取生态环境资源,却忽视了生态环境保护,因而生态环境问题日益严重。协调经济发展与生态环境保护,需要引入生态补偿机制。江西省是中部地区的欠发达省份,面临经济发展与环境保护双重任务,对鄱阳湖生态经济区进行生态补偿具有重要的现实意义。本文首先回顾了国内外生态补偿研究历程,根据相关学者的研究对生态补偿进行了概念界定,分析了外部性、公共物品、博弈论等生态补偿相关经济学理论基础。回顾国内外在多领域的生态补偿实践,结合案例总结了代表性国家的补偿模式特点,并深入辨析政府补偿和市场补偿这两种补偿方式的特点和适用条件。得出在现阶段我国实行市场补偿难度较大,对鄱阳湖生态经济区的补偿应在中央财政补贴的基础上,与东部发达地区加强横向转移为主的区际补偿建设。接着,进一步分析鄱阳湖生态经济区,根据其生态与社会经济功能的受益者确定补偿主客体,提出国家、区际、区内三个补偿层级。最后,提出构建东部发达地区补偿的反向激励的促使机制和鄱阳湖生态经济区自身补偿的诱使机制,建立以横向转移支付为主的区际生态补偿实现鄱阳湖生态经济区流域生态共建共享。