论文部分内容阅读
狗尾草属(Setaria)属于禾本科(Gramineae),大约包含125个种。其中既有重要的粮食作物谷子,也有多种农田杂草。该属目前有报道的仅三个基因组:A基因组、B基因组、C基因组,其它多数种的基因组构成还不是很清楚,对于不同种间的系统进化关系了解的也不是很清楚。本文对狗尾草属的多种材料IGS序列中的subrepeats和Crepeat进行了研究,然后利用IGS片段序列构建了系统进化树,在验证subrepeat和Crepeat的同时,更加精确地得到了各个种的同源性程度以及相互之间的亲缘关系。主要研究结果如下:1.我们对目前已经得到鉴定的狗尾草属A、B、C基因组材料和一些未得到鉴定的狗尾草属材料的IGS序列及其所包含的subrepeats进行了研究分析。发现IGS中的subrepeats具有明显的基因组特征,A、B、C基因组各自具有自身特征性的subrepeats,尤其是A基因组,即使不同的种之间,它们的subrepeats类型也是一致的。其它未得到鉴定的材料也分别具有自身明显的特征。其中S.lac-W74所拥有的subrepeats和其它基因组材料明显不同,我们推测其可能属于一种新的基因组,我们将其命名为D基因组;金色狗尾草包括3个种共8份材料,分析结果显示,也同样具有一样的subrepeats类型,与A基因组情况类似,我们推断金色狗尾草可能也属于一个新的基因组,我们将其命名为E基因组。2.我们对所有材料的C repeat进行了研究。发现狗尾草属材料中存在两个仅有若干个碱基间隔的C repeat,即CⅠ和CⅡ。CⅠ在同一基因组内一致,在不同基因组中具有多态性,CⅡ即使在种内,也同样具有多态性,这可以为深层次的系统分类研究提供帮助。C repeat的研究显示,S.lac-W74和金色狗尾草所具有的C repeat与其它基因组不同,这一结果支持S.lac-W74和金色狗尾草属于新的基因组的推论。3.我们用PAUP*4.0、PHYLIP3.69和MEGA4.1(beta)分别对IGS序列进行了ML和NJ法分析,以Panicum miliaceum的IGS序列为外类群,构建了进化树,所得结果一致。进化树结果显示,金色狗尾草单独聚在一枝,很明显的与其它基因组区分开来:S.lac-W74与A、B、C基因组聚在一个大枝内,显示出较近的亲缘关系,但又与其它基因组材料分处不同的小分支,说明其基因组不同于已知的A、B、C基因组,应该是一个新类型。聚类分析不但支持我们根据subrepeats和Crepeat做出的推论,还从IGS层面上证明了金色狗尾草和青色狗尾草可能属于不同起源的论断。