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水果和蔬菜作为高能量和丰富营养物质的来源，其构成了一个重要的食物群体，并可减少一些慢性病的发病率。果蔬的营养价值不仅对消费者的健康有益，还对微生物的生长与繁殖也有益，它们可以作为微生物特别是病原体或机会致病菌的储存库。多样化的微生物组可以通过胃进入肠道，并在肠道定植，从而对人类健康产生各种影响。近年来发现，水果和蔬菜的消费量增加伴随着人类感染和爆发的疾病也在增加。肺炎克雷伯菌是一种在医院内感染仅次于大肠杆菌的条件致病菌，在食品源如水果和蔬菜上的研究鲜有。所以本研究对常见的几种肠杆菌在果蔬中的污染情况进行调查，针对结果对污染率最高的肺炎克雷伯菌进一步做耐药性及分子特征分析，实验内容如下：
（1）果蔬中肠杆菌科污染情况
通过对浙江省基地和市场的果蔬随机抽样检测肠杆菌科污染情况，四种肠杆菌在果蔬中总检出率比较：肺炎克雷伯菌＞阴沟肠杆菌＞大肠杆菌＞沙门氏菌。肺炎克雷伯菌在蔬菜中检出率较高，尤其是生菜，检出率达到65.52%。大肠杆菌主要在水果中检出，阴沟肠杆菌主要是在草莓中检出（40.40%）。肺炎克雷伯菌在市场果蔬中的检出率为19.19%（19/99）高于基地15.20%（45/296）。而大肠杆菌和阴沟肠杆菌的检出率为市场低于基地。
（2）肺炎克雷伯菌耐药性与分子特征研究
对从四种果蔬中分离的63株肺炎克雷伯菌做了耐药表型分析，整体来讲，耐药性相对较低。常见的18种抗生素中对7种抗生素耐药，共产生了8种耐药谱，多重耐药率为7.94%。四种果蔬中，生菜中肺炎克雷伯菌分离率最高，携带耐药基因种类最多。基地果蔬中菌株的耐药表型和携带耐药基因种类多于市场。高毒力基因均未检出。基于肠杆菌基因间保守重复序列为引物的聚合酶链式反应（ERIC-PCR）技术和聚类分析结果显示，63株来源于不同果蔬中的肺炎克雷伯菌遗传相似系数为56%～100%，可分为14种基因型，菌株间存在交叉污染或克隆传播。四种果蔬中肺炎克雷伯菌的同源性比较为生菜＞芽苗菜＞杨梅＞葡萄。
（3）肺炎克雷伯菌全基因组重测序
利用IlluminaMiseq平台对肺炎克雷伯菌KPLEHZ61菌株进行全基因组重测序，得到的原始数据过滤后的高质量数据数据量为4426Mb，然后与NCBI数据库中的肺炎克雷伯菌参考基因组（Klebsiellapneumoniaesubsp.pneumoniaeHS11286）序列比对。质控结果共有30217个SNPs，1134个InDels，44个SVs和48个CNVs，其中5141个SNPs发生了非同义突变，242个InDels发生插入，189个InDels发生缺失。
（1）果蔬中肠杆菌科污染情况
通过对浙江省基地和市场的果蔬随机抽样检测肠杆菌科污染情况，四种肠杆菌在果蔬中总检出率比较：肺炎克雷伯菌＞阴沟肠杆菌＞大肠杆菌＞沙门氏菌。肺炎克雷伯菌在蔬菜中检出率较高，尤其是生菜，检出率达到65.52%。大肠杆菌主要在水果中检出，阴沟肠杆菌主要是在草莓中检出（40.40%）。肺炎克雷伯菌在市场果蔬中的检出率为19.19%（19/99）高于基地15.20%（45/296）。而大肠杆菌和阴沟肠杆菌的检出率为市场低于基地。
（2）肺炎克雷伯菌耐药性与分子特征研究
对从四种果蔬中分离的63株肺炎克雷伯菌做了耐药表型分析，整体来讲，耐药性相对较低。常见的18种抗生素中对7种抗生素耐药，共产生了8种耐药谱，多重耐药率为7.94%。四种果蔬中，生菜中肺炎克雷伯菌分离率最高，携带耐药基因种类最多。基地果蔬中菌株的耐药表型和携带耐药基因种类多于市场。高毒力基因均未检出。基于肠杆菌基因间保守重复序列为引物的聚合酶链式反应（ERIC-PCR）技术和聚类分析结果显示，63株来源于不同果蔬中的肺炎克雷伯菌遗传相似系数为56%～100%，可分为14种基因型，菌株间存在交叉污染或克隆传播。四种果蔬中肺炎克雷伯菌的同源性比较为生菜＞芽苗菜＞杨梅＞葡萄。
（3）肺炎克雷伯菌全基因组重测序
利用IlluminaMiseq平台对肺炎克雷伯菌KPLEHZ61菌株进行全基因组重测序，得到的原始数据过滤后的高质量数据数据量为4426Mb，然后与NCBI数据库中的肺炎克雷伯菌参考基因组（Klebsiellapneumoniaesubsp.pneumoniaeHS11286）序列比对。质控结果共有30217个SNPs，1134个InDels，44个SVs和48个CNVs，其中5141个SNPs发生了非同义突变，242个InDels发生插入，189个InDels发生缺失。