港口吞吐量作为衡量国民经济发展的一个重要指标，在交通行业统计中占有非常重要的地位，但随着我国社会主义市场经济体制的建立，我国目前的港口管理体制改革的进一步深入，采用全面调查报表制度已无法实现全国港口吞吐量的统计，因此研究一套行之有效的全国港口非全面调查统计方法具有非常重要的意义。本文在实地调研的基础上，通过借鉴国外先进的经验，提出了采用抽样调查方法进行我国全社会港口吞吐量统计的基本思路，并在大量数据测算、分析、比选的基础上提出了近期应分别以全国沿海港口和内河港口为抽样框，采用目录抽样、PPS抽样、Hansen-Hurwit估计等切实可行的抽样调查方法，并算出了一定误差范围内的最低理论样本量；同时，提出随着统计制度的逐步完善，小港口数据的准确性、及时性能够得到一定保证的情况下，可分别以全国沿海港口和内河港口为抽样框，采用分层简单随机抽样比估计抽样调查方法，可以在相同精度下降低样本量，从而进一步降低调查工作量和调查成本。文中还对样本港口数据不完整的情况加以论证，提出了采用“虚拟港口”解决该问题的具体方法。