本文首先在查看了两千余号标本及整理已有文献的基础上，对中国菊头蝠属(Rhinolophus)各种及亚种的分类进行了系统评述，并对各分类单位的形态特征进行了详尽描述。在中国分布的菊头蝠有8个种组，19个种，28个亚种；重点讨论了角菊头蝠(R.cornutus)、浅褐菊头蝠(R.subbadius)和三叶菊头蝠(R.trifoliatus)等物种的分类问题。其次，通过测量17个种47个菊头蝠标本的翼部(12个指标)和头骨(9个指标)形态学指标及测定22个种26个菊头蝠组织样品的cyt-b全序列，从形态学和分子系统学角度分析、探讨了中国菊头蝠系统发育关系。结果表明：中国菊头蝠包括了Aquias、非洲-古北和亚洲三大支系的物种，除了Aquias支系的R.luctus和R.formosae以及非洲-古北支系的R.xinanzhongguoensis和R.ferrumequinum，其余15个种均属于亚洲支系。第三，在分类与系统发育关系研究的基础上，对分布于我国的19种菊头蝠进行生物地理分析。在分布上，这些菊头蝠分属地中海-古北型和东洋型，后者又包括中国南方广布亚型、中国西南亚型和台湾特有分布亚型。中国菊头蝠的物种多样性呈现出由北向西南显著增加的趋势，云南、贵州和广西一带是中国菊头蝠最为集中分布的区域。R.ferrumequinum等6种菊头蝠在中国东部与西南的种群间存在种下分化，R.luctus等4种则因岛屿效应在海南和东部种群间形成种下分化。　　 已有的研究成果表明翼手类的翼部形态反映了相应的飞行性能和生境利用特点。本文测量了6种蹄蝠65个标本和13种菊头蝠229个标本翼部骨骼的12个长度变量以及后足长度，并摘抄原始标签上的体重数据，然后结合己发表的相关数据，对19种蹄蝠和30种菊头蝠的形态数据进行异速生长分析，以探讨菊头蝠和蹄蝠翼的特点及其适应性。结果表明，两者在翼部骨骼(前臂、第三指掌骨和第二指节以及第四、五指指节)存在显著性差异。其中部分骨骼长度的差异决定了它们在翼特征参数上的显著性差异：蹄蝠的前臂和第三指掌骨更长，使得翼展和展旋比要大于菊头蝠；而菊头蝠的第三指第二指节更长，使得翼尖长度和翼尖长度比值要大于蹄蝠。这些特点说明菊头蝠较蹄蝠更适应于在茂密生境中捕食。