从2005年10月至2007年1月，对伏牛山区北部的嵩县、栾川、卢氏、灵宝、陕县和南部的西峡、南召、淅川、内乡共计9内的26个洞穴中的蝙蝠资源进行了调查。 这次调查共记录到洞栖型蝙蝠13种，隶属于3科6属；记录蝙蝠总数约80000只。分布于伏牛山南部的蝙蝠有11种，数量占整个伏牛山区洞穴型蝙蝠总数量的80％，普氏蹄蝠、大足鼠耳蝠Myotis ricketti、毛腿鼠耳蝠M.fimbriatus、绯鼠耳蝠只见于南部山区；分布于伏牛山北部的蝙蝠有7种，数量占蝙蝠总数量的20％，褐大耳蝠、大菊头蝠仅见于北部山区。伏牛山南部和北部气候的差异是上述地理分布格局的主要原因，此外，洞穴地质类型、形态构造和受干扰程度也影响蝙蝠的栖息地选择。 由于蝙蝠迁徙或在洞穴间移动，伏牛山区的蝙蝠物种组成和相对丰富度还有明显地季节性变化，夏季记录到9种47000只蝙蝠，冬季记录到11种33000只蝙蝠。冬季和夏季都出现在该地区的物种主要是中菊头蝠、马铁菊头蝠、大耳菊头蝠、角菊头蝠、毛腿鼠耳蝠、普通长翼蝠和普氏蹄蝠；皮氏菊头蝠、大足鼠耳蝠在夏季迁入本区；绯鼠耳蝠、白腹管鼻蝠、褐大耳蝠和大菊头蝠在冬季迁入本区。中菊头蝠、普通长翼蝠、大耳菊头蝠和角菊头蝠在夏季的种群数量多于它们在冬季的种群数量，马铁菊头蝠在冬季的数量多于夏季。 在13种洞穴型蝙蝠中，大足鼠耳蝠和毛腿鼠耳蝠是中国特有物种，绯鼠耳蝠是中国易危物种，褐大耳蝠、普氏蹄蝠、大菊头蝠、角菊头蝠和中菊头蝠是中国近危物种。目前，这些物种的栖息地尚未受到很好保护，一些蝙蝠种类和数量较多的洞穴，又是当地主要旅游景点。栖息地破坏和频繁干扰是本地区洞穴型蝙蝠所面临的主要威胁，在26个被调查的洞穴中，西峡云华蝙蝠洞、米坪洞和南召仙人洞是多种蝙蝠的终身栖息地，因此具有很高保护价值。