近年来，股权集中和大股东控制的公司治理模式在新兴市场国家变得普遍，这导致了这些公司在经营运作中更多的显示出关联交易盛行、缺乏透明度等治理特征，加上法规对公司的强制约束力不足，中小投资者的利益常受到大股东的侵害。具体到处于转轨经济的中国资本市场，“一股独大”是普遍现象，随着后股权分置时代的到来，也出现了一股上市公司的大股东将资产注入上市公司的热潮。在市场机制失灵、监管机制不健全、公司治理不完善、存在着大股东的情况下，资产注入很可能成为滋生大股东利益输送行为的温床，利益输送这种行为通常是对中小股东利益的侵犯，进而对证券市场、上市公司带来不利影响，所以投资者保护显得很重要。本文以公司治理和并购重组理论为基础，从理论上分析了大股东侵害的直接原因和制度原因，分析了包括资产重组在内的大股东侵害的主要方式。对我国上市公司资产注入情况进行了概述，对资产注入中的大股东侵害方式进行了全面细致的理论分析。实证检验了资产注入中大股东侵害行为影响因素回归模型，得出了第一大股东持股比例与侵占程度呈非线性关系；第一大股东持股比例与第二到第十大股东持股合计比例之比与侵占程度正相关；监事会人数的增加反而引起第一大股东侵占程度的增加的结论。通过分析四川双马上市公司大股东盈利补偿机制，发现我国目前资本市场环境下，无论是市场层面的自发制约机制，还是政府和法律层面的强制制约机制，尚不足以约束大股东侵害行为。最后提出了几点制约大股东侵害行为的对策。