柑橘黄龙病（Citrus Huanglongbing, HLB）是世界柑橘生产上最具毁灭性的病害之一,是国内外植物检疫对象。目前主要分布在亚洲、非洲、大洋洲、南美洲和北美洲的近50个国家和地区,中国19个柑橘生产省（市、自治区）中已有11个受到该病为害,严重制约柑橘产业的健康发展。其病原物暂定为α-变形菌纲韧皮部杆菌属（Candidatus Liberibacter）细菌,包括亚洲种（’Ca. L. asiaticus’）、非洲种（’Ca. L. africanus’）和美洲种（’Ca. L. americanus’）,在我国该病害由亚洲种引起。田间症状表现为病树的黄梢和叶片的斑驳型黄化,果实小,畸形,严重影响柑橘的品质与产量。由于目前尚无有效药剂和抗病品种,主要采取挖除病树、防治木虱和种植无病苗木等防控措施,因此加强柑橘黄龙病的早期诊断显得尤为重要。对柑橘黄龙病菌遗传多态性的评估有助于了解病菌分类、种群结构和发生动态,同时也为病害诊断、病菌检测及风险评估提供了一种灵敏、特异的方法,因此区分’Ca. L. asiaticus’的不同株系对柑橘黄龙病的生物学和流行学研究是十分重要的。鉴于国内尚无柑橘黄龙病的环介导等温扩增（LAMP）检测方法,以及中国高海拔地区种群分化研究不足的背景下,本学位论文在国家公益性行业（农业）科研专项（200903004-06；201003067-02）和教育部创新团队（IRT0976）的资助下,基于柑橘黄龙病菌亚洲种omp基因的保守位点,建立了柑橘黄龙病LAMP快速检测方法,并将其应用于田间黄龙病疑似样品的批量检测中,旨在对早期黄龙病作出快速诊断。同时,通过在柑橘黄龙病菌亚洲种‘Ca.L.asiaticus’全基因组上报道的CLIBASIA₀5640-CLIBASIA₀5660位点对中国不同地理来源的种群进行了遗传多态性评估,进一步探索高海拔地区种群分化情况,以期为黄龙病的起源及流行学提供有力的技术支撑。本研究取得了如下研究成果：1、利用PrimerExplorer V4在线软件,针对柑橘黄龙病菌亚洲种omp基因的种属特异保守区域设计引物,优化反应体系,建立了柑橘黄龙病菌亚洲种的LAMP快速检测方法。利用该方法对田间柑橘样品进行LAMP扩增,仅HLB阳性样品的扩增产物经电泳呈特征性梯状条带。产物通过浊度观察和SYBR Green I荧光染料显色,可直接判读检测结果。该方法和实时定量PCR最低检出量均为3.9×101拷贝,灵敏度比常规PCR高100倍。在对120份田间黄龙病疑似样品检测中,LAMP检出65份阳性,阳性率为54.2%,PCR检出47份阳性,阳性率为39.2%,PCR检测为阳性的样品,LAMP检测亦为阳性。表明该方法快速简便、特异性强、灵敏度高,为快速检测柑橘黄龙病提供了新方法和新思路。2、选用已报道的CLIBASIA₀5640-CLIBASIA₀5660位点,对采自中国8省（市、区）的222份’Ca. L. asiaticus’阳性样品进行了种群分化评估,发现来自云南和四川的部分株系产生了一条缺失约1033bp的核苷酸序列,即缺失了2个完整的ORF （CLIBASIA₀5650和CLIBASIA₀5655）以及1个ORP （CLIBASIA₀5645）的部分序列,这些株系除该小片段外,还有预期大小的DNA片段,而其它地区的株系只出现大片段。在其侧翼设计下游引物,发现在CLIBASIA₀5660（P4噬菌体/质粒引发酶）位置上株系间序列变异很大,在该位点这些株系间都存在明显的差异。同时,继续在其侧翼设计上游引物TR1220342R1222657r, PCR扩增结果发现云南和四川部分株系也产生两条扩增片段,小片段与原噬菌体SC2、FP2序列更为接近,有类似重组的现象,可能是另一种原噬菌体序列。差异的产生主要是由于序列的插入、缺失或重组所致,亦存在多个SNPs,这些均表明云南、四川等高海拔地区种群较广东、广西等低海拔地区种群有更大的基因组可塑性。综上所述,本研究基于LAMP技术,建立了简便、特异、灵敏的柑橘黄龙病LAMP快速检测方法,可用于田间样品的大规模检测。另外,利用CLIBASIA₀5625-CLIBASIA₀5660位点进一步对不同地理来源的’Ca. L. asiaticus’进行了种群分化研究,在已有的基础上重点评估了高海拔地区的典型株系,有望为黄龙病起源、生物学及流行学研究提供分子依据。