现代飞行器一般具有系统结构复杂、精度要求高等特点，导致飞行器的研发具有研发周期长、研发成本高等诸多问题。而制导控制系统在飞行器系统中具有极其重要的地位和作用，制导控制系统的性能直接影响精确制导武器系统的作战效能。为了提高研发效率，在飞行器的研发阶段我们需要对飞行器进行仿真试验，利用试验数据来对飞行器系统进行评估与鉴定。鉴于此，本文对飞行器制导控制系统性能评估方法进行了研究。首先，根据指标体系的构建特点与原则，给出了指标体系构建的基本过程，包括指标体系的结构构造、指标分类和指标的构造过程；在对飞行器系统进行深入研究后，以飞行器制导控制系统为背景，分析了系统的结构关系，按照类别给出了评估指标，建立了层次化的性能评估指标体系，并根据指标要求与评估目的，给出了每个底层指标的计算与量化方法。然后，对评估综合方法进行了研究，分析了几种评估方法的特点，给出了常用评估综合方法的介绍与对比，并针对飞行器性能评估指标体系的特点，选取了合适的综合方法；另外鉴于飞行器评估的数据可靠性、方法可信度不一等特点，提出了针对其特点的多准则构权的变权综合方法，以此对飞行器性能评估指标体系进行综合评估。最后，由于飞行器评估过程复杂，数据计算量大，本文设计并开发了评估辅助工具，其中包括整体结构设计和模块设计；然后利用辅助工具给出了飞行器制导控制系统性能评估实例，并对评估结果进行了分析。