【摘 要】
:
分子结构决定分子的性质和功能,RNA的各种功能与其结构紧密相连,为进一步挖掘其功能,必须从了解RNA的结构入手。然而,用实验方法来确定RNA的具体三维空间结构花费高、难度大,
论文部分内容阅读
分子结构决定分子的性质和功能,RNA的各种功能与其结构紧密相连,为进一步挖掘其功能,必须从了解RNA的结构入手。然而,用实验方法来确定RNA的具体三维空间结构花费高、难度大,而且并不是对所有分子都有效。因此利用对已有分子结构和功能特性的认识,通过计算机模拟和计算来“预测”这些结构信息,可以用较低的成本和较短的时间获得具有一定可信度的结果。最小自由能算法是现今国际上使用最为广泛的预测方法,基于局部茎区搜索并以自由能作为评价函数的方法将结构预测转化为组合优化问题,群智能优化算法由于其在组合优化问题中的优良性能被引入到RNA二级结构预测中,取得了一些成果。本论文主要通过两种典型的群智能优化算法:经典的粒子群优化算法和近年来兴起的蛙跳算法,针对预测问题,设计合理的算法框架,达到一定的预测效果,为群智能算法在RNA二级结构预测中的应用提供启示。首先介绍RNA二级结构的数学定义,并引入用以预测的热力学模型,为预测算法奠定理论和实验基础。对采用粒子群优化算法解决RNA二级结构预测问题的SetPSO算法进行详细分析,从人工免疫系统的基本原理出发,引入免疫记忆算子加以改进。通过仿真比较,结果表明加入免疫记忆机制可有效避免早熟停滞、提高预测精度。重新设计离散粒子群优化算法预测RNA二级结构问题的执行框架,对粒子的位置、速度及运算规则进行重新定义,从人工免疫系统的基本原理出发,加入免疫变异算子保持多样性,加入接种疫苗算子提高算法求精能力。通过仿真,结果表明新算法可达到较好的预测准确性。介绍蛙跳算法的原理、应用以及改进,设计求解组合优化问题的离散蛙跳算法,重新定义个体的位置及运算规则。仿真结果表明,离散蛙跳算法对于RNA二级结构预测问题具有良好的准确度。通过以上三个算法表明群智能优化算法对于解决RNA二级结构问题是有效的,今后的研究将纳入对假结的预测及群智能的并行计算方法,进一步提高预测的精度和速度。
其他文献
目的:比较氮化钛镀膜对不同合金表面粗糙度及离子析出的影响。方法:制作试件并抛光,在其表面进行氮化钛镀膜,测量镀膜前后合金表面粗糙度值。将镀膜前后的试件浸泡在人工唾液
以钛酸异丙酯为主要原料,和其他金属化合物在碱性条件下共水解,合成了用于对苯二甲酸乙二醇酯(PET)酯化和缩聚反应的多相钛系催化剂。 运用正交试验的方法,详细考察了碱性水
哥特式弓描记法在全口义齿水平牙合位关系确定的一次应用。
目的:进行无牙颌患者睡眠障碍的流行病学调查.方法:对400位无牙颌患者进行问卷调查.采用应用广泛的阻塞性睡眠呼吸障碍低通气综合征(Obstructive SleepApnea and Hypopnea
超临界水氧化法作为一种新型、高效的废物处理技术已受到越来越多的研究者的关注。它利用超临界水的独特性质使得有机物与氧气能够快速地发生反应,从而实现有机物的彻底氧化,特别适用于难降解的有机废水的处理。本文针对双酚A生产过程产生的含酚废水,对其在超临界水中的催化氧化过程进行了研究。本文通过研究确定MnO2为含酚废水在超临界水氧化反应中的催化剂,并得到催化剂的优化制备条件为:成型压力600MPa,甲基纤维
釉质发育不全是牙齿结构异常的一种疾病,属于先天性疾病,易产生磨耗。本文报告1例釉质发育不全伴重度磨耗病例,并对其临床表现及咬合重建治疗过程的相关问题进行了探讨。
非贵金属合金在口腔中易发生电化学腐蚀,可能引起机体的不良反应。因此对非贵金属合金的表面改性处理有一定意义。目前,镀金(电沉积)技术已较成熟。用电化学方法测试金属的
目的:观察BMP2/BMP4基因在单纯性先天缺牙患者中的表达.方法:提取患者40 人外周静脉血基因组DNA,采用非先天缺牙患者为对照,用PCR反应方法扩增目的基因基因编码外显子,纯化
目的 探索两种消毒方式对壳聚糖水凝胶温敏性能及缓释性能的影响,为其消毒方式的选择提供依据。方法 采用高压蒸汽消毒壳聚糖水溶液(常规组)和壳聚糖粉末(改良组)两种消毒
目的:对比几种常用纤维桩的X 线阻射性是否有差别.材料和方法选择常用的三种纤维桩,收集20颗离体双尖牙,随机分成4组(n=5),按照厂家说明预备桩道,用Parabond 和ParaCore(C