论文部分内容阅读
增强子通常特异性的启动或增强多能性相关基因的表达,进而调控细胞分化的进程。增强子的异常表达以及增强子序列的改变,可能会引起癌相关基因或者多能性相关基因的表达,导致细胞的癌变或凋亡,从增强子角度出发研究疾病致病机理将会有重要价值和意义。 CAGE最早于2003年被提出,通过特异性提取转录本的5’端序列,可以得到基因精确地转录起始位点,基于双向转录的CAGE信号,可以有效鉴别基因组上有活性的增强子,CAGE技术成为研究转录增强子强大有效率的工具。本文基于CAGE测序数据,对两株来自胃部的细胞系 AGS和 GES-1进行了高通量测序,构建了其转录增强子表达谱,发现有活性的增强子的调控的目标基因基本有转录活性,且这些基因倾向于富集在癌症相关通路,表明增强子在癌变过程中有重要作用。 为了进一步理解增强子在疾病致病机制中可能的作用,我们构建了疾病相关增强子数据库(eSNPdb).数据库包含了来自 FANTOM5和VISTA数据库的67268增强子,826350个位于增强子区域的SNP,其中8521个疾病相关SNP,部分已经被证实可通过改变增强子的功能影响目标基因的表达。数据库同时收集了增强子内的转录因子结合位点(TFBS),并估计了SNP对增强子区域内转录因子结合效率的影响。通过该数据库,我们将疾病与增强子关联起来,对进一步研究疾病的致病机制有重要的意义。