随着新修订《公司法》以及国务院2015年《企业法人登记管理条例实施细则》等规章的实施,我国注册资本登记制度再次发生了重大变革--其核心内容是改注册资本实缴制为认缴制,同时取消了最低注册资本、取消了验资程序等。此次改革减少了政府的干预,刺激了市场的活力,但由于新《公司法》及其配套改革法规的出台较为仓促,在制度设计环节上存在些许欠缺,实施四年以来已呈现出一系列弊端,如股东虚假出资、虚构巨额出资进行欺诈、注册虚假公司进行诈骗套现等危害债权人利益问题以及利用认缴制弱化资本逃避所得税、认缴制下随意注册空壳公司虚开发票逃避税款、滥用公司法人人格形骸化逃税等侵害国家税收利益问题。笔者认为探讨注册资本制度实行认缴制后存在问题不能仅仅从私法上谈保护债权人权益方面,更应从公法上注重保护国家税收利益。也即保证债权人利益维护私法市场交易安全同时还必须兼顾保护国家税收安全、维护国家税收利益。我国目前商事法律制度虽已初步建立起税法规制相关制度,税法上也确立了实质课税原则,但由于实质课税原则只是一个宏观性原则,确定的是宏观性规则,具体法律适用规制上如《企业所得税》、《个人所得税法》上缺少具体税法条文及配套实施细则的立法,导致执行起来没有具体执行标准,无法有效治理认缴制下侵害税收法益之诸多问题,特别是资本弱化、空壳公司、低价转让股权、公司间亏损交易逃避缴纳所得税、滥用法人人格及有限责任侵害税收法益之行为。故本文论述主要针对认缴制下存在的税法问题,分析其产生原因,并结合实质课税原则、税法上引入公司法人格否认制度,同时借鉴目前实务中建立企业税务信用制度的实践经验,针对存在上述问题,提出完善措施与建议。本论文除开内容摘要、导论与结论,论文结构共计六个部分:导论部分是论文选题意义、文献综述、研究思路、方法和本文创新之处。第一部分是注册资本认缴制在税法上产生影响。本部分主要介绍了实行注册认缴制度的社会背景、历史进程、变革内容、社会意义,以及对国家税收征管产生影响。第二部分以税法为视角分析国内认缴制下存在的各种侵害国家税法法益行为及对国家税收利益产生的现实危害。本部分首先,对比之前实缴制,分析阐述了认缴制实施四年以来在各个税种税收征管上呈现出一系列问题,如认缴制下低价转让股权逃避个人所得税;利用弱化资本、亏损交易逃避企业所得税;认缴制下随意注册空壳公司虚开增值税发票;滥用公司法人人格形骸化逃避税收征管等侵害国家税收利益问题。然后从税收债权公法特殊性质、认缴制下财务派会计权责发生制与税务派会计收付实现制之间冲突、认缴制下计税税基变化、纳税人信用素质不高、钻税法法人人格否认立法空白空子等方面指出认缴制下存在税法法益保护机制不完善,现行税法在设计层面上还存在一定缺陷;这些是认缴制下产生的各种征税困境、税收流失现象之深层次原因。第三部分,首先对比介绍了英美法系两个代表性国家（英国、美国）与大陆法系两个代表性国家（德国、日本）以及中国台湾地区不同注册资本登记制度对税法产生影响,比较充分的剖析了现代各国（地区）认缴制下新出现税收征管问题以及其相对性治理措施。然后总结了域外各国（地区）适用实质课税原则、税法法人人格否认等制度治理认缴制下存在各种税收征管问题经验,最后结合各国（地区）治税实践经验提出认缴制下实质课税原则、税法法人人格否认制度在我国税法领域适用可行性、现实必要性等启示。第四部分是治理对策的总论。根据上文理论分析,借鉴域外各国（地区）治理经验,提出实质课税原则、税法法人人格否认制度是我国治理认缴制下各种税收征管问题良策。本部分首先介绍实质课税原则、法人人格否认制度在税法领域适用的理论基础。然后分析认缴制下适用之现实必要性、合理可行性。之后再论述其在税收征管中适用条件、适用范围。第五部分是治理对策的分论。本部分先将认缴制下产生的各种征税困境、税收流失现象进行梳理后按侵害的税种归成四大类:认缴制下之印花税、房产税问题;认缴制下之个人所得税征管的问题;认缴制下之企业所得税征管的问题;认缴制下之增值税问题。然后以小专题形式,配以典型案例分析实质课税原则、税法法人人格否认制度等治理措施在实务中具体适用情形以及需要注意问题。最后阐述认缴制带来税收法益保护新问题:“替罪羊法人空壳公司”税收征管难题,并阐述认缴制下目前适用税法法人人格否认制度依然不能很好解决此类问题,对追究空壳公司实际控制人法律责任立法存在空白,未来应当通过立法追究实际控制人法律责任以弥补立法缺陷是治理此类税收难题之方向。第六部分从构建和完善税法体系层面对认缴制下税法权益保护提出建设性意见。本部分针从借鉴国外经验、对纳税户实施分类管理制度、加强税务机关执法业务能力培训、健全非正常户管理制度、探索税务法庭等五个方面提供了建设性建议。最终实现完善对国家税收法益保护的目的。综上所述,本论文将国内认缴制下产生的侵害税收法益案件与具体的税法法律制度相结合,一方面探索税法实质课税原则、税法适用法人否认制度相结合治理认缴制下各种征税难题的合理性,另一方面同时积极探求构建和完善税务监管体系以期真正消除认缴制在危害税收利益方面所产生弊端,更好维护国家正常税收秩序。