随着科技的快速发展，互联网经济在当今世界经济中正扮演着越来越重要的角色。我们一直以来所坚守的传统企业管理模式是否同样适用于新兴的互联网经济体，在国内外一直备受争议。尤其对于上市互联网公司而言，企业管理模式的创新势在必行，双重股权模式应运而生，并逐渐被西方国家所认可，谷歌、京东、百度均采用的这种模式。与此同时，备受人们关注的阿里巴巴集团却提出了另外一种全新的模式，即公司“合伙人制度”。阿里集团从2009年就开始试行“合伙人制度”，2010年正式将其命名为“湖畔合伙人”，从开始到现在一共有34名合伙人加入阿里的合伙人团队。阿里集团2013年准备在香港联交所上市时即向香港提出了这种全新的“合伙人制度”，以期能获得香港方面的特别通过。但遗憾的是双方谈判失败，阿里即转向美国纽交所，并创下了全球最大的IPO融资规模，一跃而成为全球最大的电子商务集团，第二大市值的互联网公司。　　就其法律层面来讲，阿里巴巴集团开创的“合伙人制度”是公司法领域的一大突破，与很多上市公司为保留高管对公司的控制权而实行的双重股权机制不同，阿里创制的公司“合伙人制度”更为复杂，也更为有效，它从根本上解决了公司被恶意收购的风险，保证了高级管理层对公司的绝对控制权。这种打破常规的“合伙人制度”究竟是对契约自由理论指导下企业经营管理模式的又一次创新，还是马云为窃取公司控制权而耍的“花招”，理论界存在很大争议。　　本文从四个部分分别阐释了公司“合伙人制度”的一般理论、价值分析、该种制度对普通股东的影响并提出了对于保护普通中小股东合法权益的建议。文章第一部分首先就阿里巴巴集团创制“合伙人制度”的缘由进行了深入地探究，“合伙人制度”并非凭空产生，它是阿里巴巴管理层在与其大股东在多年的博弈中慢慢探索出来的适合自己的制度，并且经过了实践的检验。本文在仔细分析了“合伙人制度”的内容之后，发现“合伙人制度”实质上是由公司章程规定的一种协议，其目的是通过给予某些特定的人群以特殊权力来维持和延续对公司的控制，它本质上仍然是一种特殊的双重股权机制。进而归纳了“合伙人制度”的主要特征，并且从理论层面分析了“合伙人制度”产生的理论基础，包括我们所熟知的公司契约自由理论、信托义务理论以及效率即正义理论。第二部分分析了“合伙人制度”的理论价值和实践价值，对当今流行的股东会中心主义理念造成了有力的冲击，掀起了理论界众多学者呼吁对我国《公司法》相关制度进行改革，向美国成熟的市场经济制度学习，改革公司治理理念和资本市场准入机制的浪潮。在实践中，由于公司“合伙人制度”具有显著的优势，为很多上市公司开创了一种全新的公司治理模式。第三部分对该制度是如何威胁普通股东权益的进行了深入分析，一方面，由于在公司“合伙人制度”下，合伙人对公司享有绝对的控制权，导致股东会难以对董事会的决策进行有效制约，合伙人与其他股东掌握的信息严重不对等，绝对的权力容易滋生道德风险;另一方面，普通股东的基本权利被无情地剥夺，却又缺少救济途径。第四部分是文章的重中之重，本文借鉴国内相关研究成果和西方国家比较成熟的双重股权机制的监管体系，对于在该制度下，如何保障中小股东的合法权益提出了三个方面的建议，首先要从立法层面加以保护，完善信息披露机制和法律责任机制;其次，严格限制“合伙人制度”的适用范围及其控制权边界;最后，保障股东代表诉讼渠道的畅通。