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福建海域处于台湾海峡、东海和南海交界处,渔业资源具有鲜明特色。对福建沿岸海域渔业资源的研究大部分为1980年代-1990年代的历史资料,有的甚至已超过40年,对该水域鱼类资源状况及群落结构变化缺乏系统认识,特别是对重点港湾鱼类资源的研究基本空白,难以准确地评估当前渔业资源状况,远不能满足国家“实施海洋开发”和“建设海峡西岸经济区”的需求,因此对福建沿海鱼类群落结构及多样性、渔业资源动态的研究不仅丰富了鱼类生物学的研究内容,而且对制定合理的渔业管理措施和实现海洋渔业资源的可持续利用具有重要的理论意义和现实意义。本研究利用2006年夏季、冬季和2007年春季、秋季对闽江口和九龙江口及其邻近海域底拖网渔业资源调查资料和相关历史资料,分析了该海域鱼类种类组成、鱼类群落的时空分布格局、22种主要鱼类的生物学特征及其建议开捕规格和渔业资源的动态变化,并结合长江口、珠江口及其邻近海域的鱼类种类组成及其分布情况,阐明了我国东南沿海主要河口鱼类分布的地理学特征。首先,对闽江口和九龙江口及其邻近海域鱼类的种类组成、群落结构、多样性及其时空格局进行了分析。调查共捕获鱼类222种,隶属于17目77科140属。其中软骨鱼纲17种,鲼形目的种类最多,有9种,占软骨鱼纲总数的52.9%;辐鳍鱼纲205种,鲈形目的种类最多,有109种,占总种数的49.1%,鲱形目为20种,占总种数的9.0%,鳗鲡目、鲉形目、鲽形目、鲻形目和鲀形目的种类也较多,在7-19种之间,其余各目种类均小于5种。研究显示,该海域鱼类由暖水种和暖温种组成,分别占65.3%(145种)和34.7%(77种),具有典型的亚热带海区的动物区系特征。研究海域鱼类优势种更替和资源量具有明显的季节变化。以Pinkas(1971)相对重要性指数(IRI)划分标准,春季优势种6种,龙头鱼Harpadon nehereus、鹿斑鲾Leiognathus ruconius、二长棘鲷Parargyrops edita Tanaka、黄鲫Setipinna taty、赤鼻棱鳀Thrissa kammalensis和凤鲚Coilia nasus,夏季优势种6种,六指马鲅Polydactylus sextarius、叫姑鱼Johnius grypotus、黄鲫、白姑鱼Pennahia argentatus、龙头鱼和鹿斑鲾;秋季优势种4种,龙头鱼、赤鼻棱鳀、丁氏[鱼或]Wak tingi和六指马鲅;冬季优势种7种,龙头鱼、棘头梅童鱼Collichthys lucida、凤鲚、叫姑鱼、孔鰕虎鱼Trypauchen vagina、赤鼻棱鳀和中华海鲶Arius sinensis;其中只有龙头鱼在四个季节都是优势种。渔获鱼类季数量密度为43832 ind/km~2,季生物量密度为519.10kg/km~2,其中春季数量密度为34375ind/km~2,生物量密度327.57kg/km~2;夏季为28664ind/ km~2和467.18kg/ km~2;秋季数量密度为99401ind/km~2,生物量密度为932.48kg/ km~2;冬季为39280ind/km~2和519.10kg/km~2;春季、夏季、秋季和冬季的个体平均重量分别为15.1g/ind、19.5g/ind、14.6g/ind、25.3g/ind,渔获个体小型化严重。Shannon- Wiener种类多样性指数夏、冬季较低,春、秋季较高,特别是秋季有58.3%站位大于3。Primer聚类分析和NMDS排序结果表明,研究海域鱼类群落结构四个季节的群聚特点相似;并且以闽江口为界,鱼类聚群可分为两大类群:九龙江口聚群,鱼类以凤鲚、棘头梅童鱼、孔鰕虎鱼、龙头鱼、六指马鲅和中华海鲶等为优势种;闽江口聚群,以叫姑鱼、龙头鱼、黄鲫和六指马鲅为优势种。其次,应用扫海面积法以及Δ-分布模型法评估了闽江口及其邻近海域(约3600km~2)的渔业资源现存量。结果表明,渔业资源密度秋季居首位,为2569.11kg/km~2,夏季次之,为1120.23kg/km~2 ,而冬、春季资源密度较低,分别为867.16kg/km~2和553.60.29kg/km~2。年平均渔业资源现存量为4599t,渔业潜在资源量达32451t。应用扫海面积法对九龙江口及其邻近海域(约2713km~2)的渔业资源状况进行了评估。结果表明,四个季节渔业资源平均密度981.97 kg/km~2,其中秋季居首位,为1261.39kg/km~2,冬季和夏季次之,分别为951.31kg/km~2和936.93kg/km~2,而春季资源密度最低,为778.24kg/km~2。年平均渔业资源现存量为2664.09t,远低于其渔业潜在可捕量16688t。九龙江口及其邻近海域渔业资源已经明显衰退,渔业资源分布与水温、水深及盐度等环境因素关系密切。闽江口和九龙江口及其邻近海域各个季节鱼类资源密度均居首位,甲壳类次之,头足类资源密度最低。本研究还对闽江口和九龙江口及其邻近海域22种主要鱼类的生物学特征进行了分析,并运用体长频率法估算了von Bertalanffy生长参数、总死亡系数、自然死亡系数、捕捞死亡系数和开发率,运用von Bertalanffy生长方程估算最适开捕体长。结果表明,绝大多数鱼类的生长幂指数b值都在2.5~3.5之间,大部分种类的开发率过高。研究的22种鱼类中开发率E大于0.5有20种,占90.1%,表明这些鱼类种群资源大部分已经过度开发,有9种鱼的开发率大于0.7,属于重度超额开发;有11种的开发率介于0.5-0.7之间,属于轻度超额开发;尚有开发潜力或已接近充分利用的仅2种,分别为尖头黄鳍牙[鱼或]和条纹斑竹鲨。本研究结合鱼类生长的拐点年龄、临界年龄和初次性成熟年龄的体长以及实测最小性成熟体长确定了22种主要鱼类的建议开捕规格,其中斑鰶、赤鼻棱鳀调整后的开捕规格有所增大,黄鲫、黄吻棱鳀的开捕规格有所减小,带鱼、棘头梅童鱼、红狼牙鰕虎鱼的开捕规格基本不变。为实现渔业资源的可持续利用和合理养护,建议福建沿岸海域以这22种主要鱼类为指标种类,制定新的鱼类法定开捕体长。此外,本研究还根据中国东南沿海长江口、珠江口、闽江口、九龙江口及其邻近海域的鱼类种类组成文献及实际调查资料,系统整理了各河口水域的鱼类总名录,并应用分类学多样性指数从不同时空尺度上分析了各个水域鱼类群落分类学多样性的变化。结果表明:在我国东南沿海长江口、珠江口、闽江口、九龙江口及其邻近海域等4个研究水域总共发现有1398种鱼类,隶属42目186科593属,鱼类种类数从北到南的物种丰富度明显增加,其中鲈形目增加尤为明显。长江口及其邻近海域鱼类共有339种,隶属于31目101科231属;闽江口及邻近海域鱼类共有535种,隶属33目133科323属;九龙江口及其邻近海域鱼类共803种,隶属35目155科419属;珠江口及其邻近海域鱼类共1021种,隶属32目153科466属。四个河口及其邻近海域由北向南鱼类群落组成平均分类差异变异指数基本呈逐渐减小趋势,但分类学等级多样性指数差异并不大,鱼类区系关系较密切,可视为同一动物地理区系(印度-马来区系)。闽江口海域与九龙江海域的鱼类种类组成相似度最高,其鱼类组成与处于南海和东海交汇的特殊地理位置相符,并受南下的闽浙沿岸流及北上的南海暖流影响明显,夏、秋季由于南海暖流势力强盛,顺着台湾海峡北上,造成闽江口及邻近海域部分站点的鱼类群落同九龙江口及邻近海域的部分站点相似;而在冬季,随着南海暖流的减弱以及闽浙沿岸流顺着台湾海峡的强势南下,九龙江口海域的鱼类群落则独立成群。