本研究选择核基因组中c-myc和HIF-1基因做为遗传标记,在选定的鲤科鱼类中,分别扩增出基因序列或cDNA序列,采用分子系统学方法,对其进行序列变异、系统发育和分子进化分析。序列变异分析采用MEGA4.0软件;系统发育分析分别采用最大似然法、最大简约法和贝叶斯法重建鲤科鱼类系统发育关系;分子进化分析采用PAML4.2软件进行。本论文的主要研究结果及结论如下:　　 1、本研究通过PCR扩增、克隆测序及从GenBank下载共获得68条鲤科鱼类及外类群的c-myc基因序列。　　 (1)序列变异分析表明:c-myc CDS序列的第538位、793位和1160位核苷酸变异具有特异性,这些位点上高原鱼类和平原鱼类的核苷酸不同;两个高度变异区的碱基缺失数目和鱼类亲缘关系两者间无相关性,和鱼类生活区域两者间也无相关性;具有简约信息的第387氨基酸位点上裂腹鱼类编码的都是丝氨酸,而其它鱼类绝大多数编码的是苏氨酸。　　 (2)系统发育分析表明:支持理科鱼类鱼巴系和雅罗鱼系的划分,斑马鱼、麦氏(鱼丹)与三线波鱼形成的分支独立于以上两个单系群外;鲃系中,野鲮鱼类位于鲃巴系的最基部,鲃亚科、裂腹鱼亚科和鲤亚科鱼类共同构成另一分支;雅罗鱼系中,最基部的是鳑鲏亚科鱼类,其余为(魚句)亚科,鲴亚科、鲌亚科、(魚丹)亚科的中华细鲫和马口鱼、雅罗鱼亚科和鲢亚科鱼类。　　 (3)分子进化分析表明:M3模型检测到c-myc序列位点之间的选择压力存在强烈的异质性;使用两对似然率检验来检测正向选择:M2-M1和M8-M7,M1模型和M8模型都表明绝大多数位点(大于90％)受负向选择;小部分位点是中性进化的;没有检测到正向选择位点。　　 2、本研究通过PCR扩增、克隆测序及从GenBank下载共获得11条鲤科鱼类及外类群的HIF-1基因的cDNA序列。　　 (1)序列变异分析表明:发现HIF-1基因cDNA序列上10个核苷酸变异位点,这些位点上赤梢鱼的核苷酸不同于其它鱼类;不同物种cDNA的同一区域编码的氨基酸数目变异较大;氨基酸序列有10个位点上赤梢鱼和其它10种鱼类编码的氨基酸不同。　　 (2)系统发育分析表明:鲤科鱼类主要划分为鲃系和雅罗鱼系,而斑马鱼则独立于以上两个单系群外;雅罗鱼系中,觞亚科的麦穗鱼和雅罗鱼亚科的赤梢鱼聚为一个分支,鲢亚科的鳙和鲢与雅罗鱼亚科草鱼构成另一分支;鲃系中,鲤科的鲫鱼和金鱼与裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤构成鲃系的一个分支,再与鲤亚科的鲤鱼一起聚为一个单系群。　　 (3)分子进化分析表明:M3模型表明HIF-1序列位点之间的选择压力存在强烈的异质性;两对似然率检验用来检测正向选择:M2-M1和M8-M7,M2和M8模型表明HIF-1序列大部分(大于80％)位点属于负选择作用位点,仅少数位点(0.2％)受强烈的正选择作用;检测到13个受正向选择的位点,其后验概率均大于50％,这13个位点在不同物种间发生了变异。