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猪非典型瘟病毒（Atypical porcine pestivirus,APPV）是新近发现引起新生仔猪先天性震颤（Congenital tremor,CT）的病原。到目前为止,兽医临床上缺乏针对APPV的检测方法,这严重妨碍了我国对新生仔猪先天性震颤的防控。我们对GD3株APPV进行了全基因组序列分析,基于序列分析的结果,以E2基因为靶标,构建了检测APPV的实时荧光定量RT-PCR方法,并将E2重组表达蛋白作为检测抗原构建了检测血清APPV抗体的间接ELISA方法。研究结果如下:1、GD3株APPV的全基因组序列特征分析:利用RT-PCR方法扩增获得了GD3株APPV全基因组序列,将序列提交至GenBank（Accession No.:KY612413）,对GD3株APPV序列分析的结果显示:GD3株APPV的全基因组序列与德国、美国、荷兰和西班牙毒株在不同的进化分支上,同源性为83.1%83.4%;该毒株与中国毒株GD1、GD2和GD的同源性分别为99.5%、99.6%和83.4%。GD3株编码的E2、Npro和Erns蛋白与国内外现有毒株的同源性分别为83.1%99.7%、80.2%99.8%和81.9%99.5%。2、荧光定量RT-PCR检测方法的建立:根据APPV结构蛋白E2基因序列设计特异性引物,构建了APPV的荧光定量RT-PCR检测方法,并对其敏感性、特异性及重复性进行评价,结果显示本研究建立的荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、最低检测浓度为10拷贝/μL、操作简单、耗时短,具有良好的兽医临床应用前景。3、E2蛋白的原核表达与抗原性检测:以pMD18-T-APPV质粒为模板,设计特异性引物,扩增含EcoR I和Xho I酶切位点的基因片段,构建PGEX-6P-1/APPV-E2原核表达质粒。将构建成功的表达质粒转化至表达细菌BL21（DE3）,经IPTG诱导,SDS-PAGE和Western-Blot分析,结果显示成功诱导表达APPV E2蛋白且E2表达蛋白具有良好的抗原性。4、间接ELISA检测方法的建立:将纯化后的E2蛋白以10μg/mL的浓度按每孔100μL加入反应板中,4℃过夜包被,通过敏感性、特异性及重复性试验来评价间接ELISA检测方法。结果显示该方法可快速、特异、灵敏地检测感染猪非典型瘟病毒猪血清中的抗体,其检测血清抗体灵敏度为1:1000。综上所述,成功获得了GD3株APPV全基因序列并提交至GenBank（Accession No.:KY612413）,序列分析的结果为揭示我国APPV的流行情况提供了基础数据。首次建立了基于E2基因的实时荧光定量RT-PCR检测方法和基于E2蛋白血清抗体的间接ELISA检测方法,为新生仔猪先天性震颤的综合防控提供了检测工具。