肺癌是目前最常见的恶性肿瘤之一,对人类健康的危害日益严重。目前,80%的肺癌患者就诊时已属晚期,失去了手术根治的机会,放疗化疗效果不佳,5年生存率低；而早期肺癌手术后5年生存率虽然较高,但肺癌发病隐匿,早期确诊率低,故肺癌总的预后不良,与肺癌缺乏有效的早期诊断手段有关。临床上急需建立快速、简便、易于为患者接受、且准确可靠的肺癌无创诊断新方式。寻找敏感性,特异性高的早期诊断方法是目前临床亟待解决的问题。与此同时,目前临床应用的病理分期模式,并不能有效评估可手术的非小细胞肺癌患者接受手术治疗后疾病进展情况,特别是临床上常可观察到某一特定亚组的患者,术后在较短时间内出现复发或转移,影响患者预后,而用传统的理论及检测手段尚无法作出合理的解释,因此也为患者术后制定个体化的治疗方案带来困难。生物标志物是生理及病理状态下可度量的生物指标,可用于表征疾病危险程度,疾病的发生与发展；生物质谱技术作为目前定量蛋白质组学的核心技术,对癌症生物标志物的研究具有极大的推动作用,为解答上述临床疑问,满足上述临床需求带来了希望的曙光。在第一部分的研究中,我们采用肺癌细胞株(A549)细胞内蛋白质组作为定量对照,对癌细胞的各种分泌蛋白质进行质量控制与评测,结果显示该创新性研究策略可有效降低细胞内蛋白质对分泌蛋白质组的污染,从而筛选出高质量、癌细胞特异性的分泌蛋白质组。我们进一步筛选并验证了Plasminogen activator Inhibitor1(PAI-1)与C4b-binding protein (C4BP)这两种蛋白质在非小细胞肺癌患者与正常人血清中的表达差异。结果显示该研究策略有助于发现由癌细胞分泌产生的肺癌候选生物标志物。在第二部分的研究中,我们以靶向定量的质谱技术研究肺癌血清生物标志物,在探索阶段,通过随访得到肺癌患者接受根治性手术治疗后疾病进展及生存数据,根据预后的异质性进行患者亚群分类,并根据性别、年龄、吸烟史、病理分期等因素进行配对研究,使用鸟枪法非标记定量技术,筛选出预后相关差异表达蛋白质。在验证阶段,采用多重反应检测技术(multiple reaction monitoring, MRM)以及酶联免疫吸附法(Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, ELISA)分别对肺癌患者血清中的靶蛋白质进行绝对定量研究。结果显示：SAA(Serum amyloid A protein)、LRG1(Leucine-rich alpha-2-glycoprotein)与C4BP这三种血清蛋白质可作为肺鳞癌预后的生物标志物群区分出预后较差的肺鳞癌患者亚群。