农业是立国之本，是关系国计民生的大事。河南省是农业大省，形象称之为中国的“厨房”，但是农产品运营大而不精，大而不专，运作效率低下，其中物流环节的繁杂和物流成本的高昂是制约河南省农产品物流发展的重要因素。随着供应链思想的逐步成熟和深入，越来越多的行业意识到了精益供应链思想的重要性，纷纷进行功能再造和业务外包，使得行业运作效率得到明显提升。供应链的思想同样适用于农业领域，如何做好农产品的产销协调和环节优化是我们现在关注的重大课题。目前河南省农产品物流模式还是以传统的批发市场模式为主，部分专业的农产品第三方物流公司也已经出现，虽然规模不大，但却表现出了旺盛的生命力和良好的发展前景。文章主要是对农产品批发市场模式和农产品第三方物流模式进行对比研究。通过对国内外农产品物流相关理论的梳理，结合河南省农产品物流现状和存在问题的分析进行探究，研究表明目前河南省农产品物流存在环节繁琐、成本高昂、效率低下和应对市场迟钝的问题。通过对河南省范围内的农产品批发市场和农产品第三方物流公司的调查、归纳和总结，定性分析其运营模式的利弊。采用数据包络分析法(DEA)对河南省范围内传统的农产品批发市场模式和第三方物流模式进行数学建模分析，定量研究他们的运作效率高低。定性对比分析结果表明，农产品第三方物流模式具有服务功能完善；战略同盟的客户关系；共同抵御风险；利润空间较大；信息共享度更高的优点。DEA定量分析结果表明，农产品第三方物流企业平均目标函数值为0.9759，农产品批发市场目标函数值为0.8284，农产品第三方物流运营模式相对来说具有较高的运作效率。第三方物流的产生是契合了现代供应链的思想，整合的过程更加的专业，而不是层层转包和自营，这样就大大提高了协调程度，节点管控也更加的专业和精细，所以在成本管控和运行效率上具有绝对的优势。在明确了第三方物流运营模式的优越性和可行性之后，文章对如何促进河南省农产品第三方物流模式的发展，提出了具体的建议和对策。