西藏地方的政教制度是不同于任何西方王权神授的政教合一制度,因其统治时间之长久和组织体系之完备而为世人所瞩目。民国时期,特别是十三世达赖喇嘛执政时期西藏政教合一制的变迁不仅与历史人文等因素有关,更与当时复杂的国内外背景有关,在传统和现代之间过渡的西藏在外部刺激和内部反应同时发挥作用的情况下,政教合一制发生了新的变化。自清朝同治道光时,西力东渐,英国、俄国谋求西藏权益日亟,而中央政权对西藏的统治又趋于衰微,藏地乱象丛生。十三世达赖喇嘛正处于这个前所未有的变局。迫于时势,十三世达赖喇嘛乃有北奔库伦、南逃印度之举,思想上也由最初的排外而转至后来的亲英,再至最后接近中央政府,并立“教政昌兴”之“政治遗嘱”,其变化之大是西藏政教领袖(包括达赖喇嘛和摄政活佛)所未曾经历的。毫无疑问,这些都会对西藏的政教合一制度产生影响。本文首先述及西藏政教合一制的发展历程,并结合当时的时势背景,揭示政教合一制在十三世达赖喇嘛执政时期出现变化的内外原因及其历史情境；继而重点叙述达赖喇嘛所采取的新政措施及其与九世班禅交恶的原因,并指出其对西藏政教合一的影响。最后由达赖喇嘛的“政治遗嘱”对西藏政教的期望,揭示西藏政教合一穷途末路的历史必然性。综之,本文从宏观角度,通过引用史料、采用历史研究方法来探寻西藏政教合一制的由来及其发展变迁；同时采用政治学的一些研究方法,研究1912年至1933年政教合一制度的变迁以及西藏地方内部的权力结构和权力变化过程,初步分析其历史合理性,力图通过比较、分析对西藏政教合一制度在民国十三世达赖时期的变迁做出比较全面的评价。