目的：自加入世贸组织以来，面对进入WTO后统一国际大市场的激烈竞争，对我国制药企业来说既是机遇也是挑战。而面对我国制药企业大多由于资金不足、人才缺乏及设备落后，药品生产一般还处于仿制时代，制药企业要想立于不败之地，就必须及时处理这些问题是迫在眉睫的。本文通过从合作创新研究的角度来发现问题、分析问题、解决问题。并引导出相关的优化政策，为我国制药企业在合作创新过程中解除障碍，从而进一步推动我国制药产业合作创新的发展。　　方法：本文概述我国制药企业合作创新研究方法以及广泛收集我国制药企业在合作创新研究方面的生产实践，通过理论与实际相结合，应用制药企业合作创新理论结合我国制药企业的具体情况，并以典型企业为例进行说明。规范研究与实证研究相结合，将纯粹的理论和企业对理论的认识、应用，及如何促进其发展应用进行比较研究。　　结果：通过查阅资料、专家咨询以及对医药高校和制药企业进行调查研究等了解我国制药企业合作创新研究的现状。在这工作基础上，结合理论、案例和调查研究指出我国制药企业实行合作创新的困难和可能解决的办法。　　结论：针对我国目前制药企业的现状，合作创新是他们在进入WTO后面对激烈的国际竞争而处于有利地位的最优选择，这也是符合我国的政策法规和发展趋势，与此同时提出医药企业合作创新的正确选择方式方法及合作创新评价要点。