随着经济全球化的加速发展，企业之间的关系也发生了巨大的变化。原有的竞争关系属于零和博弈，即有输有赢，但被非零和博弈的竞合关系所取代了。目前，企业间的激烈竞争和顾客需求的个性化与多样化，企业趋向于合作创新，因为合作创新可降低风险和减少成本，也能提高自身的创新能力。同时战略联盟这一新的组织形式迅速成长为大多数企业所追寻的最具普遍性的经营组织模式。战略联盟能够实现单个企业独自经营所无法达到的目标。但到目前为止，战略联盟成功的概率较小，根据多数学者的研究发现，其中利益分配问题是决定联盟能够长期稳定发展的关键性因素。本文研究的是不同联盟结构下企业合作创新的利益分配问题，旨在弄清联盟企业合作创新利益的有关问题，提出在不同的联盟结构下企业进行合作创新的利益分配的方法和模型，以实现创新年利益在联盟企业间的公平合理的分配。本文的研究为联盟企业间有关利益分配的问题提供有用的参考价值，使得该联盟能够长期稳定发展。针对该问题，本文的主要工作如下：首先，从相关的理论出发，概述了有关概念，并阐述了企业合作创新的影响因素与利益分配的影响因素。其次，着重论述了在平行型联盟结构下与主导型联盟结构下企业合作创新的利益分配问题。在分别分析影响不同联盟结构利益分配的因素的基础上，构建了企业合作创新的利益分配方法和模型。即结合贡献、投资额、知识溢出与风险等因素，构建了基于多种因素的改进的Shapley值法；基于个人理性与风险态度，引入风险因子，构建了斯塔克伯格模型。最后，根据上述模型的构建与分析，提出了几点建议。要想联盟获得更多收益，联盟企业之间的分配更加公平合理，需要制定信息沟通机制、监督机制、信任机制、激励惩罚机制等机制，还需要调动联盟企业的积极性。政府的支持也能为联盟的稳定发展提供稳定的环境。