二十一世纪以来，经济全球化进程不断加快，农业也进入高速发展的时期，在打破传统农业经营模式的过程中，新的农业发展模式不断涌现，并成为农业现代化发展的新趋势，引起了学术界的广泛关注，农业创新体系的概念在此背景下被提出。当前，农业创新体系的研究多集中在国外农业发达国家，而国内的研究较少，且农业创新体系的研究多以定性分析为主，缺乏实证分析以及对整个创新体系的系统性研究，在反映创新体系发展状态的创新绩效方面更是很少有人涉及。由于农业产业集群形成发展过程中吸收了绝大部分的农业创新资源，可以被看做农业创新体系的有效载体。基于此，本文在前人研究的基础上，以农业产业集群为载体来研究农业创新体系。为了能够更透彻地分析农业创新体系的形成概况、结构框架、组成要素、内部创新网络和现阶段创新发展状态，本文从对比分析的角度选取了河南鄢陵花木产业集群和山东寿光蔬菜产业集群作为农业创新体系研究案例。我们通过实地调研获取两个农业产业集群发展概况，创新网络组成与联系以及集群内创新个体的创新情况，并将此汇总成相关数据，利用社会网络分析法，数据包络分析法分析农业创新体系创新网络结构特征和创新绩效，并对两农业创新体系网络结构特征和创新发展状态进行对比，得出以下结果：第一，农业创新体系是实现农业现代化的有效途径，其形成与发展既受地方自然社会文化环境影响，也有能人带动的重要作用。农业创新体系体现了农业发展相关资源的有效整合，实现了资源集聚优势，能够提升农业生产效率，是农业现代化进程的有效途径。地方自然社会文化环境影响一个地域农业生产与发展的特点，体现了地理环境的整体性对区域农业发展的影响。能人带动能够决定某一时期农业创新发展的方向。第二，农业创新体系结构特征具有同质性，又表现出一定的异质性。在同质性方面，农业创新体系主要由创新主体和各创新主体关系联系形成的创新网络组成，创新主体基本的元素组成具有相似性，创新网络主要以合作网络和知识网络为主来实现创新资源在创新体系内的有效流通。异质性方面，不同的农业创新体系由于发展特点的不同，在创新主体的组成上有所差异，同时各创新主体在不同创新体系中体现的作用不同。农业创新网络结构特征更因为创新主体关系联系的不同而呈现不同的网络结构特点，通过社会网络分析法得知，（1）鄢陵花木产业集群创新知识网络呈现多核心结构，大学、外部企业与本地大企业是创新的关键节点。鄢陵花木产业集群创新多来源于市场需求与大企业的自主研发。知识网络的集中度较高，但密度较低；（2）鄢陵花木产业集群创新合作网络呈现核心-外围结构。核心企业通过紧密的产学研结合，创新成果显著。网络集中度小于知识网络，网络密度更低；（3）寿光蔬菜产业集群创新知识网络呈现多核心结构。知识网络形成源于各创新主体间对新知识、新技术等高速发展的需求。知识网络呈现低网络密度，中等网络集中度的特点；（4）蔬菜产业集群合作网络同样呈现多核心结构。蔬菜产业集群合作网络以外部同行企业为主，产学研结合为辅。合作网络与知识网络结构具有同质性，网络密度低，网络集中度中等偏下。第三，农业创新绩效是了解农业创新发展状态的有效指标。运用数据包络分析法对鄢陵花木产业集群企业和寿光蔬菜产业集群企业的创新绩效进行评价分析得到了综合创新效率，规模效率，纯技术效率。其中寿光蔬菜产业集群综合创新效率要优于鄢陵花木产业集群，说明寿光蔬菜农业创新体系创新发展状况要比于鄢陵花木创新体系更合理，并得知集群企业规模效率是影响鄢陵花木创新体系发展的主要障碍。第四，对比分析不同的农业创新体系可以深入地了解农业创新发展中的特点和不足，有利于指导农业创新发展及地方农业现代化建设。本文通过对两农业创新体系的比较分析，得到了农业创新体系在组成元素与发展中的特点，了解了农业创新体系内部结构特征以及存在的差异。在农业创新绩效上的对比，能够了解农业创新体系的创新发展状态，同时得到创新体系在哪方面存在差距，及时的给出调整意见，实时的指导农业创新发展。