DNA条形码技术作为现今生物分类学中重要的分子技术,可以快速准确地鉴定物种,为生物的保护及生态系统的维护作出巨大贡献。文章利用细胞色素氧化酶Ⅰ号（cytochrome C oxidase subunit1）基因和氧化还原酶亚基Ⅱ（NADH dehydrogenase subunit2, ND2）基因两个分子标记以及联合两个基因共同分析,利用建树和统计学的双重方法,对我国东南沿海六个地方的大弹涂鱼（Boleophthalmus pectinirostris）,弹涂鱼（Periophthalmus modestus）和青弹涂鱼（Scartelaos histophorus）共178头个体的种间和种内进行遗传学分析,为我国东南沿海的湿地遗传多样性保护及其条形码研究提供科学知识。系统发育树显示三个物种间分化明显,与种内遗传距离有明显差异。种下水平分析显示东南沿海大弹涂鱼的6个不同地理种群之间均有共享单倍型,地理种群间遗传分化差异程度小且六个地理种群的COI基因交流频繁。ND2基因显示上海崇明岛种群与另外5个地理种群达到了中等遗传分化的程度。三个基因标记均显示三种鱼类及其各自地理种群的核苷酸多样性低而单倍型多样性高。文章认为ND2基因比COI基因的灵敏度大,用于鉴别遗传分化不明显的种群有一定的帮助。联合基因在网络进化图中有较强的应用优势。相对于传统的构建二叉分支系统发育树方法来说,统计学方法及多分枝的网络进化树对于地理分化不明显的种群有更灵敏的鉴别能力,有助于种下地理种群研究。