猪主要相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC），也称为猪白细胞抗原（swine leukocyte antigen,SLA），是存在猪的7号染色体上的一个高度多态、紧密连锁的基因群，具有十分重要的生物学功能。为了详细了解巴马小型猪SLA经典Ⅰ类（SLA-1，2，3）和Ⅱ类（SLA-DRA，DRB1，DQA，DQB1）基因在巴马小型猪群体中的多态性、分布及进化关系，本研究通过对7个经典SLA座位的扩增，进行克隆测序，确定了该群体中存在的等位基因，并对这些等位基因进行了相关的生物学分析。由于该群体为自然基础群体，遗传背景比较复杂，群体样本量较大，SLA基因的研究工作的克隆测序工作量太大，并且耗时长，成本较大，也为了避免出现重复测序，研究中首先进行了微卫星的群体检测，明确个体间的进化关系。本研究选取了世界粮农组织和动物遗传学会联合推荐的10个微卫星位点，通过对这些位点PCR扩增检测，使用相关软件分析了巴马小型猪群体的遗传多样性，并对该群体的90个个体进行了进化树的绘制，根据分析结果挑出了15个差异性较大的个体进行SLA的研究。整个研究获得以下结论:1.该群体中，10个微卫星座位具有丰富的多态性，等位基因数目多，群体中有效等位基因数量不平衡，各微卫星座位上优势等位基因明显，每个座位上均有一个或2个优势等位基因；10个微卫星座位杂合度较高，各微卫星座位多态信息含量较高。说明该群体内基因的一致性很差，变异性较大，选择的潜力非常大，该群体保持了丰富的遗传多样性。这些数据为选择代表性的个体进行SLA多态性研究提供了有效的依据。2.对巴马小型猪群体中90个个体聚类分析了个体间的进化关系，结合各微卫星座位上等位基因的信息挑取了15个差异性较大的个体作为SLA基因研究的对象。3.在该群体中3个SLA-Ⅰ类基因座位（SLA-1，2，3）上等位基因丰富，多态性高，共发现等位基因38个，新等位基因29个，4个SLA-Ⅱ类基因座位（SLA-DRA，DRB1，DQA，DQB1）多态性没有Ⅰ类高，共发现等位基因数有34个，但是新发现等位基因只有4个。4.对于新发现的基因我们根据SLA基因的命名原则，分别给予临时命名。并将新发现等位基因提交至NCBI数据库，获得登录号。5.该群体7个SLA座位上新发现等位基因与NCBI数据库中SLA和HLA等位基因同源性均较高。6.该群体中，等位基因分布特征为各基因座位多态性高，每个座位上优势等位基因明显，均有1-2个优势等位基因。7.7个基因座位克隆测序获得的新等位基因序列均含有完整的开放阅读框，SLA-Ⅰ类3个基因都包括8个外显子，SLA-1和SLA-3新等位基因序列都包含1086个核苷酸，编码361个氨基酸残基；SLA-2新等位基因序列都含有1095个核苷酸，编码364个氨基酸残基。SLA-Ⅱ类基因座位中，SLA-DRA新的等位基因序列包含759个核苷酸，分隔为4个外显子区域，编码252个氨基酸残基；SLA-DQA新的等位基因序列都含有768个核苷酸，分隔为4个外显子区域，编码255个氨基酸残基；SLA-DQB1新的等位基因序列包括786个核苷酸，分隔成5个外显子区，编码261个氨基酸残基。8.该群体中新发现等位基因与IPD-MHC数据库中SLA等位基因聚类结果显示，巴马小型猪群体的遗传多样性丰富，应用潜力很大。