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土壤是影响植物生长的主要因素。我国陕西西北部是苹果主要产区，但该地区土壤碱化严重。而苹果树适宜生长在微酸性至中性土壤中，因此，土壤碱化势必会影响苹果的各种代谢活动，特别是根系的发育。因此，本研究以耐碱性强的富平楸子（Malus prunifolia Borkh）和耐碱性较弱的平邑甜茶（M.hupehensis Rehd）为材料，对两种砧木幼苗的根系构型和内源激素含量进行了测定，并对耐碱性强的富平楸子根系进行转录组分析，旨在从分子水平揭示碱胁迫对苹果根系结构和内源激素的影响。研究结果如下： 1、根系构型分析表明，碱胁迫15d后，与对照相比，耐碱性较弱的平邑甜茶的根系总长、平均根直径、根系总体积、根尖总数和侧根数分别下降了24.83%、23.1%、21.74%、48.46%和32.3%，且差异显著。而耐碱性强的富平楸子中，除根系总表面积和侧根数外，其余根系构型指标在碱胁迫和对照组之间差异均不显著。根系內源激素水平分析表明，碱胁迫下平邑甜茶处理组根中IAA和ZR的含量基本低于对照组，并且呈下降趋势；而富平楸子根中IAA和ZR含量变化趋势与之相反。碱胁迫下两种苹果砧木幼苗根中ABA含量都有所增加，但是富平楸子根中ABA含量增加幅度高于平邑甜茶。此外，碱胁迫48h后，耐碱性强的富平楸子根中GA3和JA含量呈上升趋势，而耐碱性较弱的平邑甜茶根中GA3和JA含量则表现为先下降后上升趋势。 2、以耐碱性强的富平楸子为材料，在碱胁迫0h、6h、24h和48h后，采集白色幼嫩新根进行转录组测序分析，共检测到36161条基因，占参考基因组比率的80.15%，所检测到的新基因数为512条。与激素相关的上调和下调的差异表达基因分别为29条和48条。 3、qRT-PCR分析结果表明，碱胁迫下，和对照相比，耐碱性强的富平楸子根中与IAA相关基因ARF5、GH3-6、SAUR36和SAUR32均上调，而耐碱性较弱的平邑甜茶根中这些基因的表达下调。耐碱性强的富平楸子幼苗遭受碱胁迫时，根中与ZR合成相关基因IPT5的表达量先升高后下降，并在6h时达到最高；与之相反，耐碱性较弱的平邑甜茶根中基因IPT5表达量则低于对照。碱胁迫下，两种苹果砧木幼苗中与脱落酸相关基因CIPK1和AHK1的表达量都有所增加，但富平楸子根中CIPK1和AHK1表达量的增加幅度高于平邑甜茶。碱胁迫下，富平楸子根中与GA3相关基因GID1，以及与JA相关差异基因MY3的表达量和对照相比均上调，但在耐碱性较弱的平邑甜茶根中，与JA相关的差异基因MY3的表达量除在碱胁迫6h后略有上调外，其表达量均低于对照，而基因GID1表达量和对照相比无差异。这些结果表明，碱胁迫下，植物根系中与激素相关基因的表达上调以及激素含量的增加，会增强植物的耐碱性。