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鹿产品是珍贵的中药材。目前市场上存在着严重的以假充真,以次充好的现象,有些伪产品仿真程度很高,从而导致鹿产品的检测工作越来越重要,而且越来越棘手。由于鹿产品的珍稀,鹿开始被人类大量饲养,中国是养鹿最早的国家,东北梅花鹿是我国饲养梅花鹿的主要亚种,梅花鹿个体养殖场很少有长期的遗传规划,使得梅花鹿遗传状况受到威胁。本文研究了梅花鹿在核苷酸水平上的遗传多样性,并初步探讨了梅花鹿的遗传结构和DNA条形码在梅花鹿上的可行性,为鹿产品的检测和梅花鹿的保种及育种提供了理论依据。 本研究利用克隆测序方法和PCR产物直接测序方法对敖东梅花鹿、东丰梅花鹿、四平梅花鹿和兴凯湖梅花鹿12个个体的线粒体基因组全长进行测序并进行序列分析和系统进化分析。根据梅花鹿线粒体 cytb基因序列设计引物,测定这四个品种的194只梅花鹿的1032bp序列,对梅花鹿的种群遗传特质及种群结构进行了初步探讨。基于梅花鹿 COⅠ基因和COⅡ基因序列设计引物,并测定敖东梅花鹿、东丰梅花鹿和四平梅花鹿品种的180只梅花鹿的COⅠ基因和COⅡ基因序列,探讨DNA条形码在梅花鹿上的可行性。 敖东梅花鹿、东丰梅花鹿、四平梅花鹿和兴凯湖梅花鹿线粒体基因组全长均为16435bp,包括22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因(12S rRNA和16S rRNA)和2个非编码区(WANCY区和D-loop区),与GENBANK中其他鹿科动物线粒体基因组序列同源性高。利用MEGA软件和DanSP软件对12个梅花鹿个体线粒体全长序列进行分析结果显示兴凯湖梅花鹿变异位点最多、具有较高的核苷酸多样性、与其他梅花鹿间的核苷酸距离较大。兴凯湖梅花鹿与东丰梅花鹿的核苷酸距离整体最大、核苷酸间的歧异度最大。梅花鹿的系统进化关系为:中国梅花鹿和日本梅花鹿自成单系,日本梅花鹿支分为日本南部梅花鹿支与日本北部梅花鹿支。中国梅花鹿与日本南部梅花鹿的亲缘关系较近。兴凯湖梅花鹿自成一单系。兴凯湖梅花鹿和东丰梅花鹿的亲缘关系较远。 194只梅花鹿cytb基因的1032bp序列,共发现23个变异位点,8个单倍型,其中兴凯湖梅花鹿、敖东梅花鹿、东丰梅花鹿和四平梅花鹿和的单倍型数分别为7、6、4和2,单倍型n7和n8为兴凯湖独有,单倍型n6是东丰梅花鹿独有,单倍型n2为四个品种共享。在四个品种中,单倍型多样性范围为0.531～0.789,平均值为0.6599。种群内核苷酸多样性范围为0.0054～0.01127,平均值为0.010171。东丰梅花鹿的核苷酸多样性和单倍型多样性最高,其次为兴凯湖梅花鹿,四平梅花鹿最低。通过最大似然法和邻接法的系统发生与最小跨度网络图表明,单倍型n1及n7与n2～n6之间具有较远的亲缘关系,并发生了显著的遗传进化。单倍型n1和n7是最原始的单倍型,其他单倍型是由这两个单倍型进化而来的。同时还表明这四个梅花鹿品种在进化的过程中,出现过一次中间过渡类型的单倍型。 COⅠ基因和COⅡ基因序列分析表明敖东梅花鹿单倍型数量最多,核苷酸多态性也最高,遗传多样性要高于东丰梅花鹿和四平梅花鹿。敖东梅花鹿品种有特异突变位点,四平梅花鹿和东丰梅花鹿则没有特异突变位点。系统进化树均显示三个品种都有交叉,并且从遗传距离的分析也能看出,三者之间的差别非常小,近乎一个品种。COⅠ基因和COⅡ基因能不能做为梅花鹿品种鉴定的条形码还需要进一步的研究来证实。