背景:肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一。研究表明,与健康人或肺部良性病变患者相比,肺癌患者的呼吸道菌群存在差异,主要表现为群落多样性和特征菌属的相对丰度发生改变。目前需要进一步探讨呼吸道菌群是否与肿瘤临床特征等影响患者预后的因素相关。目的:描述非小细胞肺癌患者的呼吸道菌群结构,探讨呼吸道菌群与非小细胞肺癌的肿瘤分期、转移状态和EGFR基因突变的关系。方法:我们收集了85例首诊非小细胞肺癌和5例肺部良性病变患者的痰液样本,采用基于16S rRNAV3-V4可变区的二代测序技术进行测序。我们将样本分为非小细胞肺癌组（NSCLC）和肺部良性病变组（Benign）。按照肿瘤分期进行分组,分为Ⅰ期（FS1）、Ⅱ期（FS2）、Ⅲ期（FS3）和Ⅳ期中M1a期（FM1）、M1b或M1c期（FM2）。根据转移情况分组,分为胸腔内转移组（Intra）和无转移组（NonM）。按照是否合并区域淋巴结转移,将NonM组患者分为区域淋巴结转移组（LNMY）和无区域淋巴结转移组（LNMN）。按照肺腺癌患者是否合并EGFR基因突变,分为EGFR基因突变组（EGFR+）和EGFR野生型组（EGFR-）。采用生物信息学方法对上述分组的呼吸道菌群进行比较。结果:非小细胞肺癌患者痰液样本中相对丰度最高的菌门和菌属分别为Firmicutes（厚壁菌门）（40%）和 Streptococcus（链球菌属）（21%）。NSCLC组和Benign 组的α多样性相似（Chao1值 P=0.0670;Simpson指数 P=0.7379;Shannon指数P=0.8879）,β多样性存在显著差异（PERMANOVA检验,P=0.001）,NSCLC组Pseudomonas（假单胞菌属）的相对丰度显著升高。此外,本研究还对不同肿瘤临床特征非小细胞肺癌患者的呼吸道菌群进行比较,呼吸道菌群的α多样性和β多样性与肿瘤分期、胸腔内转移、淋巴结转移和EGFR基因突变状态等不相关。针对不同肿瘤分期样本的LEfSe分析显示,FS1组的Actinobacillus（放线杆菌属）、FS2组的SR1菌门、Peptococcus（消化球菌属）、Leuconostoc（明串珠菌属）和FM1组的Escherichia（埃希菌属）的相对丰度显著增高。与NonM组相比,Intra组的Peptostreptococcus（消化链球菌属）、Peptococcus（消化球菌属）和Escherichia（埃希菌属）的相对丰度显著升高,而Streptococcus（链球菌属）的相对丰度显著降低。与LNMN组相比,LNMY组Parvimonas（微单胞菌属）和Pseudomonas（假单胞菌属）的相对丰度显著增高。与EGFR-组相比,EGFR+组Prevotella（普雷沃菌属）、Porphyromonas（卟啉单胞菌属）、Desulfovibrio（脱硫弧菌属）和Dialister（小杆菌属）的相对丰度显著增高。结论:非小细胞肺癌患者与肺部良性病变患者呼吸道菌群的群落结构存在显著差异,Pseudomonas（假单胞菌属）在非小细胞肺癌患者的呼吸道中显著增多。非小细胞肺癌患者呼吸道菌群与肿瘤分期、转移状态（包括胸腔内转移和淋巴结转移）等肿瘤临床特征相关。肺腺癌EGFR基因突变和EGFR野生型患者的呼吸道菌群存在差异。