近年来,太湖流域水环境保护形势严峻、复杂,与我国普遍存在的环境保护工作中的问题一样,仍然处于应急性、突击性和整治性的阶段,环保部门在应急和整治工作中疲于奔命,效率低下,没有长效。水环境管理中涉及到体制、机制、政策和手段等方面。本文认为机制是体制的补充和完善。水环境长效管理机制的建立能够弥补水环境管理体制的不足和缺陷,进而实现水环境管理政策手段最佳的集成效果和综合管理效率。太湖是我国第三大淡水湖,太湖流域是全国最具发展活力的区域之一。从20世纪70年代至今,地区经济社会的飞速发展给太湖水体带来了巨大的污染,太湖水质平均每十年下降一个等级,周边人们的生存和健康已经遭到严重威胁。环保资金力量的大量投入仍未能彻底扭转水质恶化的趋势。本文在分析太湖流域水环境管理体制机制现状的基础上,提出了水环境长效管理机制的设计框架,从多部门合作、流域管理和区域管理三个角度对太湖流域水环境管理体制现状展开了研究,并着重对流域水环境管理体制主要涉及到的中央机构与地方政府,地方政府间,地方政府与地方环保部门,部门间等利益主体间关系进行了剖析,进而总结出太湖流域水环境管理体制的五点不足：管理部门职能交叉重叠,地方政府GDP崇拜,政府间以邻为壑,组织封闭和效率低下。在水环境管理体制研究的基础上,针对太湖流域水环境管理体制的五点不足和缺陷,进一步分析问题的本质,提出了部门合作机制、区域协调机制、环保强化机制、公众参与机制和竞争激励机制等,初步建立起太湖流域水环境长效管理机制体系,旨在为提高太湖流域水污染防治工作成效提供初步建议。