基于RNA-Seq对捕食线虫真菌虫生亚隔指孢做转录组学分析

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线虫每年对农作物造成相当大的损失,由于传统的防治线虫措施与喷洒化学农药的局限性迫切需要一种对环境友好且高效的线虫生防制剂。捕食线虫真菌(Nematode-trapping fungi)生活方式灵活且是杀线虫生防制剂研究最多的,其原本能在土壤中营腐生生活,当处于低氮源环境且有活线虫或线虫提取物存在的条件下其营养菌丝会特化形成捕食器官(捕器),捕器的生成标志着生活史的改变,捕器可分为三维菌网、粘球、粘性分枝和的收缩环等类别。捕食线虫真菌杀线虫共分为4步:吸引、固定、侵入、消化。虽然当下用于杀线虫的生防制剂已有报道,但由于线虫的生活条件限制了捕食线虫真菌的杀线虫效果,且捕食线虫真菌与线虫的相互作用及相关机制也不是很清楚,所以继续探究捕食线虫真菌杀线虫的机制还是相当的有建设性意义的。本文基于RNA-Seq技术对在加入秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)稀释液0 h、24 h、72 h三个时间后产粘球的捕食线虫真菌虫生亚隔指孢(Dactylellina entomopaga)的进行转录组学分析,以挖掘更多的毒力因子及相关的毒力基因从而完善捕食线虫真菌的浸染机制信息库。分析方法:使用 Blast2GO 软件进行 Non-Redundant Dataset(NR)和 Gene Ontology(GO)以及InterProScan的blast 比对;将clean reads比对到基因组上并计算出每个基因的reads数目(count值)使用edgeR软件基于reads计数的方法筛选得到显著差异基因(Significantly differentially expressed genes,SDEGs);对显著差异基因进行多个蛋白质数据库注释和富集。本文发现:未诱导状态到诱导前期,显著上调差异基因富集到的Pathway有核糖体与氮代谢;诱导前期到诱导后期显著上调差异基因富集的Pathway是过氧化物酶体;未诱导状态到诱导后期,显著上调差异基因富集的Pathway为核糖体、产热、MAPK信号通路、氧化磷酸化、酪氨酸代谢、黑素原生成、河马信号通路等。依据多篇文献报道还假设:在连续上调的基因中,蛋白质注释结果显示:可能编码蛋白为c型凝集素家族的基因de0208146可能与粘附过程相关,de0201759也许参与定位线虫;从诱导前期到诱导后期上调三十多倍的de0200602可能参与了线虫的识别;de0204621可能与捕器粘性产生有关。
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