脂多糖诱导的脓毒症的血管组织中CircRNA和mRNA表达谱

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jerrykfczz
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脓毒症是一种危及生命的全身炎症性疾病,通常会导致多器官功能障碍,是重症监护病房最常见的死亡原因之一。非编码RNA(ncRNAs)是所有不能翻译成蛋白质的功能性RNA,其中的环状RNA(CircRNA)因为其高度稳定性、保守性和组织特异性而引起广泛关注。本研究选择脓毒症大鼠作为炎症模型,对脓毒症大鼠主动脉组织的CircRNA和mRNA表达谱及功能网络进行了研究,拟研究CircRNA在炎症反应中的作用。我们建立了脂多糖(LPS)诱导的大鼠脓毒症模型。通过微阵列及实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)对主动脉组织进行高通量测序,以鉴定差异表达(DE)的CircRNA和mRNAs。通过生物信息学分析以及构建编码和非编码基因共表达(CNC)网络和竞争性内源RNA(CeRNA)调控网络以研究CircRNA在脓毒症炎症模型中的作用机制。本研究共鉴定出373个上调和428个下调的CircRNA以及2063个上调和2903个下调的mRNAs。我们利用基因本体论(GO)和KEGG数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)对 mRNAs 的进行分析,结果表明下调的基因主要集中在能量生成过程中。经过RT-qPCR对微阵列的验证,我们选取了 7 个差异表达的 CircRNA(rnocircRNA004806,rnocircRNA004930,rnocircRNA008634,rnocircRNA008728,rnocircRNA010219,rnocircRNA016014 and rnocircRNA017418)来构建 CNC 和 ceRNA 调控网络。CNC预测靶基因的功能富集分析结果揭示了 CircRNAs在炎症反应中的重要作用,ceRNA网络也强调了 CircRNAs在钙信号通路中可能起着调节作用。
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