根据农村人口结构、土地流转及经济发展等实际情况，调整农业产业结构，加快发展现代农业，是当前农村改革的必然趋势。但我国农村部分地区改革处于一种混沌期，由于产业结构主体错位、长官意志强力推行、管理机制不到位等原因，我国农业在向现代农业调整的过程中，仍存在诸多方面的问题，其中现代农业面源污染问题尤为突出。多元化农业产业结构模式造成农田灌排水体系紊乱、区块污染产生量不均、农业尾水污染无序排放等现象，导致周边河湖水环境日趋恶化。现代农业面源污染俨然成为导致我国城镇河湖水体富营养化的最主要诱因之一。因此，现代农业面源污染问题即将成为农业面源污染控制工程研究的主要热点内容。　　以构建工程理论指导实际工程应用作为本文的主要研究思路，针对现代农业面源主要出现的问题以及实际工程背景下存在的水环境问题为出发点，重点开展了以下工程研究设计工作：　　1.本文基于分析我国现代农业面源污染形势下，探讨了现代农业面源污染的构成及其特点，结合现代农业水利规划基本理论，开创性的提出了现代农业灌溉减排系统（MAERIS）的工程理论，包括概念内涵、原理模型、技术方法和评价体系，以期为现代农业面源污染治理提供技术指导与参考。　　2.本文以合肥市东大圩农业示范园区为工程应用背景，对试验区周围流域及河流进行了年际和年内的动态水质评价分析，其分析分析结果来看，2003~2010年以来巢湖西北湖区水质介于Ⅳ～劣Ⅴ类之间，同时连续几年处于中度富营养化状态；试验区紧邻重点河流南淝河2012年6~11月WPI值在140.8~420之间变化，河流的水质全时间段处于劣Ⅴ类，主要污染物来自TP、TN的超标；同时，在监测试验区内部沟渠水质发现，TN、TP依然为主要污染物。　　3.本文针对试验区内进行污染源调查分析和污染物排放量量化分析，其结果可见，试验区内主要的污染来源为农村生活污水以及现代农业园尾水两类；从污染物量化结果分析，区域内主要的TP、TN污染来自于现代农业园尾水，占到区域内的80％以上。　　4.本文最后结合MAERIS工程理论技术方法和实际工程背景应用于示范工程的规划设计中，从MAERIS工程前期预测分析来看，该工程实际应用可带来生态、投资、社会等多方面效益，具有一定程度的应用推广价值。